微生物多样性测序是一种高通量DNA测序技术,广泛用于分析环境样本中微生物群落的组成和多样性。其中,16S/18S/ITS扩增子测序是一种常用的方法,利用特定的核糖体RNA基因片段(16S rRNA、18S rRNA和内转录间隔区,即ITS)作为标记,进行微生物群落结构的分析。 技术原理 利用聚合酶链式反应(PCR)技术,选择性地扩增特定的目标...
16S rDNA,原核生物的核糖体小亚基rRNA编码DNA,含9个高变区与10个保守区。保守区揭示细菌亲缘关系,高变区则反映物种特异性。通过PCR扩增及新一代测序,分析古菌或细菌群落结构。🌱 18S rDNA测序: 18S rDNA,真核生物的核糖体小亚基rRNA编码DNA,含有可变区和保守区。保守区反映生物亲缘,高变区展现物种差异。选择V4...
技术概述 微生物多样性测序,又称扩增子测序,是对特定长度的PCR产物或者捕获的片段进行测序,分析序列中的变异。16S/18S/ITS等扩增子测序即通过提取环境样品的DNA,选择合适的通用引物扩增16S/18S/ITS的某一或某几个区,使用Illumina MiSeq将目的区域正反向读通,通过检测目的区域的序列变异和丰度,对环境样本物种分类及丰...
16S/18S/ITS全长测序是指通过提取样品中微生物的DNA，使用通用引物扩增微生物的16S rDNA、18S rDNA或ITS区域全长，然后对其进行测序的过程。16S/18S/ITS全长测序可用于微生物多样性的检测。16S rDNA存在于所有细菌基因组，能体现不同菌属之间的差异，目前被广泛用于病原菌的检测和鉴定。16S rDNA全长测序可用于分析...
扩增子测序是对特定长度的PCR产物或者捕获的片段进行测序。 16S rDNA测序 :16S rDNA为编码原核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列,主要进行细菌或古菌的多样性分析。 18S rDNA测序 :18S rDNA为编码真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列,反映样品中真核生物之间的种类差异。 ITS 测序 :该类测序主要对环境微生物中的真菌多...
根据对测序区域和物种的选择,扩增子测序目前主要分为16S rDNA测序、18S rDNA测序、ITS测序及目标区域扩增子测序等,其中16S rDNA测序针对环境中细菌和,18S rDNA、ITS测序针对环境中的真菌。 1、16SrDNA测序 细菌核糖体RNA(rRNA)按沉降系数分为3种,分别为5S、16...
类似于16S rDNA，18S rDNA也包含一些保守区域和高变区域。通过测序18S rDNA的特定高变区域，可以用于...
三代微生物多样性是基于PacBio SequelⅡ测序平台,利用单分子实时测序的方法,对原核生物16S的全部V1-V9可变区域或真核生物的18S高变区域或ITS区域进行全长扩增,不仅能提高物种鉴定的分辨率,还能提高样本中微生物组成鉴定的精确度,从而更全面的反应微生物的群落结构。
16S /18S/ITS全长测序是通过提取微生物DNA，使用通用引物扩增并测序微生物的16S rDNA、18S rDNA或ITS区域，用于检测微生物多样性。16S rDNA因其广泛存在于细菌基因组中，能体现不同菌属差异，常用于病原菌检测与鉴定。其全长测序能分析细菌群落结构多样性。18S rDNA编码真核生物核糖体小亚基rRNA，结构...
针对核糖体小亚基SSU rRNA可变区的测序分析方法被广泛应用于环境微生物群体多样性研究。原核微生物通常为16S rDNA测序(全长约1,500bp),真核微生物一般为18S rDNA(全长约1,500-2,000bp,鉴定属以上的分类)和ITS rDNA(约400-900bp)测序,传统的16S分析方法针对部分可变区(如V3或V4),很难将物种精确鉴定到属以下...