步骤描述: 数据经过测序后,需进行质量控制和分析。 所需代码: 使用Python的Scanpy库进行基本的数据分析。 # 数据的质量控制sc.pp.filter_cells(adata,min_genes=200)# 过滤掉基因数不足200的细胞sc.pp.filter_genes(adata,min_cells=3)# 过滤掉在小于3个细胞中表达的基因# 计算线粒体
20230906【10X-单细胞】单细胞测序入门大讲堂-5-单细胞数据分析可视化 201播放 第19课:单细胞个性化分析汇总 1354播放 单细胞测序-Seurat入门教程_对象构建-质控-降维聚类 6014播放 保姆级单细胞代码分析(1)|seurat分析 质控 降维聚类umap tsne 4.0万播放 中科大博士教你做实验:流式细胞术的实验操作及应用 1.2万播...
但是,10x Genomics公司,陆续逐个攻破了这些障碍。目前,我们不仅可以利用FFPE样本进行单细胞测序,还可以选取邻近的切片进行空间转录组测序,此外,更重要的是,10x Genomics推出的原位分析,可以和单细胞及空间数据有一个很好的印证。也就是同一个蜡块,我们可以同时进行单细胞测序+空间转录组测序+原位分析,全面解析组织微...
1.一种适用于10x单细胞转录组测序数据的分析方法,其特征在于,包括下列步骤:1)测序数据处理,使用10x genomics官方的cellranger count流程对原始数据进行处理:使用count程序对下机的Fastq文件进行处理,得到每个细胞的基因的表达reads数;根据count程序生成的网页中的信息,对测序结果进行质控;2)Seurat数据过滤,使用Seurat软件...
info@biotech-pack.com 电话: 010-67869385 152-0137-7680 QQ: 3158880571 微信: 主页> 问答中心> 单细胞分析FAQ汇总> 10x Genomics单细胞测序数据可以和smart-seq一起分析吗? 可以的。不过数据需要标准化。 相关服务: 单细胞测序 提交需求 姓名* 联系类型 * ...
Neal:单细胞测序分析:Seurat实操 案例二__多模态分析19 赞同 · 1 评论文章 在今天的案例中,我们将使用来自10x Genomics的、公开可用的约 12000 个人类 PBMC“多组”数据集,来展示如何整合scRNA-seq与scATAC-seq数据并进行分析。该案例参考原文如下:
小编带您探索单细胞免疫组库测序数据分析的奥秘 (左)图1 10X Genomics平台 (右)图2 巢式扩增原理 博奥单细胞免疫组库测序基于10X Genomics平台(图1),可用于测量来自同一细胞的免疫组库信息和基因表达,能够一次性分离并标记500-10000个单细胞。 单细胞免疫组库测序建立在GemCode技术的微流控平台上,将带有barcode和...
单细胞数据读入:10X数据,表达矩阵数据 细胞表达谱过滤 表达矩阵标准化 计算高显著变化的基因 PCA降维分析:碎石图,PC热图展示结果 随机抽样JackStraw图 随机抽样JackStraw图 TSNE聚类生成细胞聚类TSNE图 DIY多种类型TSNE图 组间细胞类型对比分析 特定细胞类型的细胞统计 不同类细胞的cluster基因计算 Marker基因热图及TSNE表...
摘要:从https://s3-us-west-2.amazonaws.com/10x.files/samples/cell/pbmc3k/pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz处下载得到2700个PBMC细胞测序数据,采用Seurat(v3.1.0)程序包进行分析。详细介绍见https://satijalab.org/seurat/v3.1/pbmc3k_tutorial.html ...
小编带您探索单细胞免疫组库测序数据分析的奥秘 (左)图1 10X Genomics平台 (右)图2 巢式扩增原理 博奥晶典单细胞免疫组库测序基于10X Genomics平台(图1),可用于测量来自同一细胞的免疫组库信息和基因表达,能够一次性分离并标记500-10000个单细胞。 单细胞免疫组库测序建立在GemCode技术的微流控平台上,将带有barco...