小编带您探索单细胞免疫组库测序数据分析的奥秘 (左)图1 10X Genomics平台 (右)图2 巢式扩增原理 博奥单细胞免疫组库测序基于10X Genomics平台(图1),可用于测量来自同一细胞的免疫组库信息和基因表达,能够一次性分离并标记500-10000个单细胞。 单细胞免疫组库测序建立在GemCode技术的微流控平台上,将带有barcode和...
本标准适用于基于10X平台的单细胞TCR测序数据的分析流程软件标准分析流程。 2规范性引用文件 下列文件对于本文件的应用是不可少的。凡是注日期的引用文件,仅注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改单)适用于本文件。 GB/T 29859生物信息学术语 GB/T 34798核酸数据库序列格式规...
但是,10x Genomics公司,陆续逐个攻破了这些障碍。目前,我们不仅可以利用FFPE样本进行单细胞测序,还可以选取邻近的切片进行空间转录组测序,此外,更重要的是,10x Genomics推出的原位分析,可以和单细胞及空间数据有一个很好的印证。也就是同一个蜡块,我们可以同时进行单细胞测序+空间转录组测序+原位分析,全面解析组织微环境...
单细胞数据读入:10X数据,表达矩阵数据 细胞表达谱过滤 表达矩阵标准化 计算高显著变化的基因 PCA降维分析:碎石图,PC热图展示结果 随机抽样JackStraw图 随机抽样JackStraw图 TSNE聚类生成细胞聚类TSNE图 DIY多种类型TSNE图 组间细胞类型对比分析 特定细胞类型的细胞统计 ...
1.一种适用于10x单细胞转录组测序数据的分析方法,其特征在于,包括下列步骤: 1)测序数据处理, 使用10xgenomics官方的cellrangercount流程对原始数据进行处理: 使用count程序对下机的fastq文件进行处理,得到每个细胞的基因的表达reads数; 根据count程序生成的网页中的信息,对测序结果进行质控; 2)seurat数据过滤, 使用seura...
本发明涉及转录组测序技术领域,尤其是一种基于10x单细胞转录组测序数据的分析方法。 背景技术: 10x单细胞转录组测序(scrna-seq),是在单个细胞水平对mrna进行反转录扩增后进行高通量测序,获得相应数据并进行信息分析的技术,可以应用在人类细胞图谱构建、肿瘤异质性研究、干细胞发育及分化、神经系统发育研究、脑发育研究以...
单细胞测序入门大讲堂 - 开启单细胞数据分析之旅 Webinar Presenter 马志梅, 应用科学家, 10x Genomics, China
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Neal:单细胞测序分析:Seurat实操 案例二__多模态分析18 赞同 · 1 评论文章 在今天的案例中,我们将使用来自10x Genomics的、公开可用的约 12000 个人类 PBMC“多组”数据集,来展示如何整合scRNA-seq与scATAC-seq数据并进行分析。该案例参考原文如下: https://satijalab.org/seurat/articles/atacseq_integration_vig...
上海敬善生物科技拥有专业的科研服务平台,秉承对生命的敬爱将生命细胞科学的研究与临床相结合.可为您提供二代测序--转录组测序,外显子测序,基因组测序,10X genomics单细胞测序---单细胞转录组测序,单细胞免疫组库测序,空间转录组测序,以及个性化的单细胞测序数据分析等服务