10X Genomics单细胞的是一个综合的单细胞分离及文库构建平台,可以应用于多种单细胞测序上,包括Singlecell gene expression, Single cell Immune Profiling, Single cell CNV,Single cellATAC;可以过UMI条形码和Microfluidics微流体技术一次分离并标记100-10000个细胞,测序通量通常为50000reads/per cell左右。 10XGenomics平台...
单细胞 RNA 测序(Single cell RNA sequencing,scRNA-seq)是一种在单细胞水平上利用 RNA 测序对特细胞群体进行基因表达谱定量的高通量实验技术。待测组织经过单细胞分离、RNA 提取、逆转录、文库构建和测序,便可利用数据分析获得多个细胞的基因表达谱。 1.单细胞测序与普通转录组测序的区别 普通转录组使用细胞混合物...
单细胞测序(Single cell RNA sequencing,scRNA-seq)是在单个细胞水平进行转录组学分析的技术。在单个细胞的分辨率下,科学家能真正的定义细胞类型特定的基因表达,分辨出细胞的异质性。这是过去RNA-seq所无法企及的。 在众多的单细胞测序平台中,10×genomics最受欢迎表现最亮眼。其采用了基于微滴的微流体技术来分选细...
单细胞测序常见的实验验证手段有:RNA FISH。免疫荧光实验和单细胞SMART-qPCR、以及针对新的marker基因及富集的信号通路进行功能验证。RNA FISH可以观察到marker基因标记的亚细胞群体在组织中的定位,同时结合特异性表面蛋白标记的特定亚细胞群体,结合免疫荧光实验,也可以观察到细胞在组织中的空间分布。在对特定的细胞群进行分...
10×Genomics技术是由10×Genomics公司和Fred Hutchinson癌症研究中心开发出一种单细胞RNA测序方法,该技术可实现数千个细胞的快速高效标记、测序和分析,获得单细胞水平的基因表达谱和差异情况,实现细胞群体的划分与细胞群体间差异表达基因的检测。 一、10×Genomics单细胞...
10X Genomics单细胞平台是一个综合的单细胞分离及文库构建平台，适用于多种单细胞测序应用，包括单细胞基因表达、单细胞免疫表型、单细胞CNV和单细胞ATAC。通过UMI条形码和Microfluidics微流体技术，一次分离并标记100-10000个细胞，测序通量通常为50000reads/per cell。10XGenomics平台的高通量单细胞RNA-seq技术...
免疫荧光实验通过标记特定细胞表面蛋白，实现对细胞在组织中的定位观察。Lukowski SW通过这一方法验证了MALAT1基因在人视网膜特定细胞群中的高表达，与单细胞测序结果相吻合。此技术有助于明确基因表达与细胞位置的对应关系。单细胞SMART-qPCR结合细胞分选技术，可以提供更深入的基因表达分析。Hammond TR通过此...
探索细胞类型之间表达的变化,同时整合空间、调控和/或蛋白质信息 image.png 3.单细胞测序(10×genomics技术)的原理(数据产生) 单细胞 RNA 测序(Single cell RNA sequencing,scRNA-seq)是一种在单细胞水平上利用 RNA 测序对特细胞群体进行基因表达谱定量的高通量实验技术。待测组织经过单细胞分离、RNA 提取、逆转录...
(1)Smart-seq:测序细胞量少(因为一次通过一个细胞),但是测序的reads数多; (2)Drop-seq(10X ):可以测许多细胞,但是测得深度不深。 前些天练习了smartseq2的单细胞测序流程。这次就来练习一下10×测序的分析。 这次要练习的文章: Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss...
世纪坛医院暨北京大学第九临床医学院肝胆胰外科彭吉润研究组,以及美国AMGEN公司的欧阳文军研究组合作的题为Landscape of infiltrating T cells in liver cancer revealed by single-cell sequencing 的研究论文,本研究首次在单细胞水平上描绘了肝癌微环境中的免疫图谱,通过对超过5000个T细胞的单细胞测序数据及分析,发现...