单细胞 RNA 测序(Single cell RNA sequencing,scRNA-seq)是一种在单细胞水平上利用 RNA 测序对特细胞群体进行基因表达谱定量的高通量实验技术。待测组织经过单细胞分离、RNA 提取、逆转录、文库构建和测序,便可利用数据分析获得多个细胞的基因表达谱。 1.单细胞测序与普通转录组测序的区别 普通转录组使用细胞混合物...
10X Genomics单细胞的是一个综合的单细胞分离及文库构建平台,可以应用于多种单细胞测序上,包括Singlecell gene expression, Single cell Immune Profiling, Single cell CNV,Single cellATAC;可以过UMI条形码和Microfluidics微流体技术一次分离并标记100-10000个细胞,测序通量通常为50000reads/per cell左右。 10XGenomics平台...
pDC,浆细胞样树突状细胞(DC);mDC1,髓样DC 1型;Mono1,单核细胞群1优先来自血液;Mono2,主要来自CSF单核细胞群2;gran,粒细胞;Tdg,γδT细胞;CD8na,未激活的CD8 + T细胞;CD8a,活化的CD8 + T细胞;Tregs,调节性CD4 + T细胞;CD4,CD4 + T细胞;NK,自然杀伤细胞;MegaK,巨核细胞;B1 / B2,B细胞亚群;plas...
单细胞测序(Single cell RNA sequencing,scRNA-seq)是在单个细胞水平进行转录组学分析的技术。在单个细胞的分辨率下,科学家能真正的定义细胞类型特定的基因表达,分辨出细胞的异质性。这是过去RNA-seq所无法企及的。 在众多的单细胞测序平台中,10×genomics最受欢迎表现最亮眼。其采用了基于微滴的微流体技术来分选细...
10×Genomics技术是由10×Genomics公司和FredHutchinson癌症研究中心开发出一种单细胞RNA测序方法,该技术可实现数千个细胞的快速高效标记、测序和分析,可以全面对接Illumina测序仪,获得单细胞水平的基因表达谱和差异情况,实现细胞群体的划分与细胞群体间差异表达基因的检测。
Moffitt JR在对小鼠的下丘脑进行10×Genomics单细胞测序后,分析得到被marker基因标记的Cluster E-3细胞群体在小鼠下丘脑中有着重要的作用,之后借助基于marker基因设计的探针,使用生物素对探针进行标记,借助荧光显微镜观察到Cluster E-3在3个不同热胁迫处理的分布情况(Moffitt JR,2018;doi:10.1126/science.aau5324)。
10×Genomics技术是由10×Genomics公司和Fred Hutchinson癌症研究中心开发出一种单细胞RNA测序方法,该技术可实现数千个细胞的快速高效标记、测序和分析,获得单细胞水平的基因表达谱和差异情况,实现细胞群体的划分与细胞群体间差异表达基因的检测。 一、10×Genomics单细胞...
单细胞转录组的批次效应校正 在分析流程（一）中，需要考虑技术因素，而技术因素中很重要的就是批次效应校正。批次效应是高通量测序实验中常见的技术变异来源，在单细胞制备过程中一次可以产生大量的单细胞，但是scRNA-seq需要成千上万的高质量单细胞，要达到相应的数据量，就需要多批次的制备单细胞。而这个批次效应会...
中科搭载10×Genomics最新的单细胞仪器平台Chromium X有16个通道，每个通道最多可以捕获2万个单细胞。通常每个样本捕获6K-1w的细胞数目就可以基本满足实验分析需求。是否需要更大的细胞量，还是需要根据老师实验目的来决定。4、单细胞测序为什么要选择10×Genomics？在目前群雄逐鹿的单细胞市场中，为什么我们要选择10×...
1.从15名患者的单细胞测序中收集了15个肿瘤样本，从21名患者中收集了21个治疗前肿瘤样本，用于普通转录组测序（图1A）。所有细胞降维聚类确定了26个聚类（图1B），在不同患者没有观察到明显的批次效应。根据相应的典型标记基因的表达，将26个簇注释成T细胞、NK细胞、B细胞、骨髓细胞、中性粒细胞、浆细胞、浆细胞...