10x Genomics利用液滴法的原理,通过微流控、油滴包裹和Barcode标记等技术,实现大规模的单细胞分离、标记,主要流程包括以下步骤: Step0、Prepare your sample(样品制备):酶解样品,制备单细胞悬液 Step1、GEM generation(生成油包水结构体系) Step2、Construct your 10x library(文库构建):构建用于测序的cDNA文库 Step3...
基于10X Genomics 平台的高通量单细胞 RNA Seq技术是利用液滴法的原理,使用GemCode技术,通过控制微流体的进入,将带有 barcode、UMI(Unique Molecular Index,分子标签)、引物及酶的凝胶珠(Gel Beads)与单细胞混合,从而实现大规模的单细胞分离,以及单细胞文库构建的技术。 图1 10X Genomics 技术原理示意图 10X Genomics...
10x Genomics单细胞转录组测序(single cell RNA-seq, scRNA-seq),是在单个细胞水平对 mRNA 进行高通量测序的一项新技术,其能够以高通量和单分子分辨率研究单个细胞表达谱,揭示复杂细胞群体的异质性,避免单个细胞的基因表达信号被群体的平均化所掩盖。 10x Genomics系统具有高通量、周期短、适用范围广等优势,一个样品...
单细胞测序的三个基本步骤。 小果会从样本的制备开始,然后讲解10×genomics文库构建和测序的原理及其优势。 单细胞样本制备 单细胞样本的制备有以下几种方法。 1.Limiting dilution极限稀释 这一种常用的技术,手动使用移液器通过稀释分离单个细胞。这种方法效率比较低。 2.Micromanipulation显微操纵术 该技术非常经典,曾...
单细胞转录组测序是在单个细胞水平进行高通量转录组测序的一项新技术,能够有效解决细胞异质性以及bulk RNA-seq被掩盖的细胞群内转录组异质性难题,有助于发现新的稀有细胞类型,深入了解细胞生长过程中的表达调控机制。 10x Genomics Chromium系统利用微流控、油包水的微反应体系,通过序列标签(cellbarcode和UMI)区别群体中...
10X Genomics BD Rhapsody 测序成本比较 Fluidigm C1：2000-3000细胞，12-100万元；10X Genomics：6000-10000细胞，2+万元；BD Rhapsody：6000-10000细胞，1.8+万元。成熟的商业化平台优势明显。测序数据质量 由于Fluidigm C1几乎只有土豪使用，因此我们主要比较后两者。从现有数据来看，很难比较两种技术的优劣，而且两种...
染色质的这种特性叫做染色质的易接近性(chromatin accessibility),通过研究细胞特定状态下开放的染色质区域可以在DNA水平上了解其转录调控。 10x Gennomics单细胞ATAC-seq(Single Cell Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,单细胞染色质易开放区域测序)基于GemCode微流体平台,利用Tn5...
10X Genomics近期正式推出Visium HD技术,该技术将空间转录组测序技术推向单细胞分辨率时代,为分化发育、肿瘤免疫微环境、精细化组织结构和时空异质性研究提供了全新的解决方案。 基迪奥生物目前可以提供Visium HD(10X genomics)和Stereo-seq(华大时空)两款不同品牌并且都十分优秀的高分辨率空间转录组产品,欢迎有项目需求的...
7. PCR富集及上机测序:在进行最后一次PCR扩增后,即可上机测序。 10X Genomics单细胞技术 ChromiumTMSingle Cell 3' Solution是基于10X Genomics平台,能够一次性分离、并标记5000–10000个单细胞,并能在单细胞水平进行检测的技术。该方法基于微流控技术(Microfluidics-based approaches),与Smart有相似的分子生物学原理,运...
10X Genomics 是一个综合的单细胞测序技术平台,可以应用于多种单细胞测序上,包括Single cell gene expression, Single cell Immune Profiling, Single cell CNV, Single cell ATAC。这篇文章将主要简述10X Genomics在单细胞基因表达检测方面,也就是scRNA-seq上的应用。