1、了解Gel beads(凝胶微珠) Gel beads是用来捕获细胞中的mRNA,需要第一步制备,每个Gel beads上都连接上特定的DNA片段(称为Oligo dT序列),DNA片段又分为几段,分别负责不同的功能,每个Gel beads理想情况下是与一个细胞结合,通过Gel beads的Barcode差异区分不同的细胞 Gel beads 实际上一颗凝胶微珠很大,可以连接...
10X单细胞建库试剂中最核心、壁垒最高,也是直接决定建库反应成本的试剂就是barcode gel beads,其作用是和单个细胞包裹在微滴中,在微滴中对所有来源于该细胞的mRNA在反转录和扩增过程中加上特定的barcode序列,从而在后续的测序结果定位来自同一细胞的mRNA。 以下均为推测: 1.10X中用的gel beads的骨架为:Acrylamide和...
单细胞进样和GEMs制备:将含有barcode的凝胶珠(10X barcode Gel Beads)、细胞和酶的混合物(Cells Enzyme)以及油(oil)经由微流体十字交叉系统,形成GEMs(Gel Beads in Emulsions) 逆转录反应:细胞裂解后会释放出mRNA,然后与ploy dT反转录引物以及dNTP底物相结合,在逆转录酶的作用下发生逆转录反应,产生带有10X barcodes...
10x Genomics 公司的 Chromium 系统利用 8 通道的微流体“双十字”交叉系统,将含 barcode 的凝胶珠(Gel Beads)、细胞和酶的混合物、油三者混合,形成 GEMs(油包水的微体系)。GEMs 形成后,细胞裂解,凝胶珠自动溶解释放大量 barcode 序列,随后 mRNA 逆转录产生带有 10x barcode 和 UMI 信息的 cDNA,构建标准测序文...
10X Barcode:是一段16nt的核苷酸序列(序列空间350万),在每一个Gel Beads中的Barcode序列都是一致的。在后面Barcode与细胞融合形成水凝珠之后,可以保证一个细胞的所有基因序列都带着相同的Barcode序列,也就可以认定这些序列来自同一个细胞。所以我们通常说Barcode序列是用来标记细胞的。
然后,这些GEMs被收集到储液器里,Gel beads溶解释放出Barcode序列,开始对样本进行标记。最后,把每个液滴中含有Barcode信息的产物混合在一起,构建标准测序文库。 原理揭秘 🔬 10x Genomics Chromium™系统的核心就是利用上百万独特的Barcode标记不同的样品(长链DNA分子/单细胞)。这个技术真的是相当巧妙,通过Barcode...
凝胶微珠(Gel Beads) 凝胶微珠(Gel Bead)主要由凝胶磁珠以及附着于其上的一段引物所组成。在每一个凝胶微珠之上,存在着数量约为 40 至 80 万的特定核酸引物序列,这些引物序列具有高度的特异性,在后续的一系列生物化学反应过程中,能够发挥极为关键的引导与识别作用,例如在特定核酸片段的扩增、捕获等相关操作中,...
10x genomics技术原理类似于Drop-seq,平台利用微流体“双十字”交叉系统分选单个细胞,通过barcode磁珠-单细胞-油滴的对应关系形成GEM(Gel Beads-in-emulsion),实现真正意义上的单细胞测序。 2.超高细胞通量 微流体“双十字”交叉系统为8通道系统,每个通道最高可捕获10000细胞,8通道一次可检测细胞范围为500-80000个细胞...
10x genomics技术原理类似于Drop-seq,平台利用微流体“双十字”交叉系统分选单个细胞,通过barcode磁珠-单细胞-油滴的对应关系形成GEM(Gel Beads-in-emulsion),实现真正意义上的单细胞测序。 2.超高细胞通量 微流体“双十字”交叉系统为8通道系统,每个通道最高可捕获10000细胞,8通道一次可检测细胞范围为500-80000个细胞...
首先预制凝胶微珠(Gel Beads),在每个微珠上种入特定的 DNA 分子。 每个DNA 序列分成如下片段: Barcode。10X 人工设计 16nt 的碱基序列,一共有 400 万种 Barcode,单次测序中一个微珠可以对应一种 Barcode,从而将微珠区分开。 任意两个 Barcode 之间...