10X Genomics Workflow 1、了解Gel beads(凝胶微珠) Gel beads是用来捕获细胞中的mRNA,需要第一步制备,每个Gel beads上都连接上特定的DNA片段(称为Oligo dT序列),DNA片段又分为几段,分别负责不同的功能,每个Gel beads理想情况下是与一个细胞结合,通过Gel beads的Barcode差异区分不同的细胞 Gel beads 实际上一颗...
10X单细胞建库试剂中最核心、壁垒最高,也是直接决定建库反应成本的试剂就是barcode gel beads,其作用是和单个细胞包裹在微滴中,在微滴中对所有来源于该细胞的mRNA在反转录和扩增过程中加上特定的barcode序列,从而在后续的测序结果定位来自同一细胞的mRNA。
10X genomics的机器的功能就是制备油包水的乳浊液,它是配合芯片来进行工作的。在这台机器上制备乳一次乳浊液,所花的时间是7分钟。 芯片上面有4排8列,共32个孔。一张芯片一次可以处理8个样本,每一列孔对应于一个样本。 sample well——这排孔是用来放样本的 Gel Bead well——是用来放预制微珠(gel beads)的...
10x Genomics 10x Genomics 公司的 Chromium 系统利用 8 通道的微流体“双十字”交叉系统,将含 barcode 的凝胶珠(Gel Beads)、细胞和酶的混合物、油三者混合,形成 GEMs(油包水的微体系)。GEMs 形成后,细胞裂解,凝胶珠自动溶解释放大量 barcode 序列,随后 mRNA 逆转录产生带有 10x barcode 和 UMI 信息的 cDNA,...
10X Barcode:是一段16nt的核苷酸序列(序列空间350万),在每一个Gel Beads中的Barcode序列都是一致的。在后面Barcode与细胞融合形成水凝珠之后,可以保证一个细胞的所有基因序列都带着相同的Barcode序列,也就可以认定这些序列来自同一个细胞。所以我们通常说Barcode序列是用来标记细胞的。
Chromium Next GEM Training Reagents, Gel Beads and Chip Kits TRAINING 1000386 Chromium Next GEM Single Cell HT Training Kit, 32 rxns TRAINING 1000745 Chromium GEM-X Training Reagents, Gel Beads and Chip Kits Compatible Assays Flex Gene ExpressionUniversal 3' Gene ExpressionUniversal 5' Gene Expressi...
凝胶微珠(Gel Beads) 凝胶微珠(Gel Bead)主要由凝胶磁珠以及附着于其上的一段引物所组成。在每一个凝胶微珠之上,存在着数量约为 40 至 80 万的特定核酸引物序列,这些引物序列具有高度的特异性,在后续的一系列生物化学反应过程中,能够发挥极为关键的引导与识别作用,例如在特定核酸片段的扩增、捕获等相关操作中,...
如何保证每一beads只捕获一个cell呢?第一是控制cell和beads的流速,第二是beads的数目远远超过cell的数目,即绝大多数的beads都是空的,只有少数的才捕获到了cell。但是还是有个别的droplet里面会两个或者更多的细胞,这就需要我们去QC啦。 single cell RNA-seq的barcode这么神奇,我们结合10x Genomics的说明书一起来分步...
基于10X Genomics 平台的高通量单细胞 RNA Seq技术是利用液滴法的原理,使用GemCode技术,通过控制微流体的进入,将带有 barcode、UMI(Unique Molecular Index,分子标签)、引物及酶的凝胶珠(Gel Beads)与单细胞混合,从而实现大规模的单细胞分离,以及单细胞文库构建的技术。 图1 10X Genomics 技术原理示意图 10X Genomics...