由于缺乏区分m6A与A的化学方法, 使用m6A特异性抗体预富集含m6A的RNA片段结合高通量测序可实现对m6A的特异性检测。 2012年,康奈尔大学医学院的Jaffrey课题组和以色列特拉维夫大学的Rechavi课题组基于m6A特异性抗体结合高通量测序技术建立了m6A免疫沉淀测序方法 (m6A-specific methyled RNA immunoprecipitation coupled with nex...
起始总RNA质量控制:用电泳方法。rRNA占有总RNA的大部分,形成的峰越高/尖,RIN(RNA完整度评分值)越高,8以上质量比较好。 测到的RNA片段 mapping到基因组上,进行样品的reads在参考基因上的分布均匀性(Gene coverage)统计。两端平衡的时候表示mRNA降解少(3’高降解多)。 ☆ RNA-seq的生物信息分析 一、深度测序数据...
RNA高通量测序（RNA-seq）是转录组测序技术的一种，可以对mRNA、smallRNA和NONcoding RNA等进行测序分析，反映出它们的表达水平。其应用范围包括检测所有mRNA表达量的差异、检测RNA的结构上的差异，以及基因单点突变导致的SNP等。
易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA),结合高通量测序,可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量,总RNA起始量可降低至10μg,最低仅需1μg总RNA。广泛应用于组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克或DNA损伤应答、癌症发生与发展、药物应答等研究领域;可应用...
高通量测序 lncRNA测序 一、服务介绍 长链非编码RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs)一般是指长度大于200 nt的RNA,位于细胞核内或胞浆中,不参与蛋白质编码功能,以RNA形式在多种层面上(表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平,在生命活动中具有重要作用。
RNA高通量测序基于第二代测序技术,主要有Illumina(Solexa)测序和Ion Torrent测序两种常用的方法。这两种方法都是通过将RNA分子转录成cDNA,然后进行文库构建,最后使用测序技术对文库进行高通量测序。具体来说,RNA高通量测序方法主要包括以下几个步骤: 1.提取RNA:首先需要从细胞或组织中提取RNA分子。常见的RNA提取方法有酚...
高通量测序的主要原理是将DNA或RNA分子随机断裂成大量小片段,并在流式细胞仪上进行高通量并行的测序。具体步骤包括DNA或RNA的提取、断裂、连接、扩增和测序。其中,连接和扩增两个步骤是高通量测序技术的核心。连接步骤通过引入序列适配器使小片段能够在流式细胞仪上辨识和区分,从而有序地对这些小片段进行同时测序。扩...
导读:肿瘤异质性及其驱动因素影响肿瘤进展和癌症治疗。单细胞RNA测序用于研究肿瘤生态系统的异质性。 近日,浙江大学郭国骥、梁廷波等研究人员在权威期刊《Advanced Science》上发表了题为“Pan-Cancer Single-Nucleus Total RNA Sequencing Using snHH-Seq”的研究论文,本研究中,研究人员开发了一种高通量、高灵敏度的方法...
Illumina solexa测序 Solexa测序技术第二代分析系统Genome Analyzer IIx是当前世界上应用最为广泛的新一代测序系统,较当前普遍使用的一次只能读取1,000个左右的碱基,且DNA样品需要长时间的制备和分析的测序仪,具有高准确性、高通量、高灵敏度和低运行成本等突出优势。可以同时完成传统基因组学研究以及功能基因组学研究。