为了提高长序列比对速度,Martin Sosi等人2017年在Bioinformatics期刊上发表了一篇快速序列比对软件包Edlib,可实现长序列,甚至长基因组之间的序列比对。 如何使用 Edlib 序列比对包 Edlib主要基于Myers’s bit-vector (位相量)实现序列比对过程,而且采用了带状比对(banded ...
Bowtie2 是一款经典的短读长序列( 50-100 bp,最多可到1000 bp ) 比对软件,支持 单端测序(unpaired) 和双端测序的比对。支持全局比对(end-to-end align ) 和 局部比对( local align )。 Bowie2 安装 Conda 安装bowtie2(需要先装好Anaconda) 终端输入命令即可完成安装 conda install bowtie2 官网下载安装 ...
DNA序列太长，5-6万 bp，我用DNAMAN软件发现序列根本输不进去软件内，可能是序列长度超过限制了吧，那...
BLAST是一种局部比对算法BLAST集成了多种不同的比对程序,用于实现不同的搜索目的BLAST过程随着查询序列长度的增加,比对速度会越来越快BLAST常用的目标数据库的类型有核苷酸和蛋白质序列两种相关知识点: 试题来源: 解析 BLAST常用的目标数据库的类型有核苷酸和蛋白质序列两种 反馈 收藏 ...
Bowtie2 是一款经典的短读长序列( 50-100 bp,最多可到1000 bp ) 比对软件,支持 单端测序(unpaired) 和双端测序的比对。支持全局比对(end-to-end align ) 和 局部比对( local align )。 Bowie2 安装 Conda 安装bowtie2(需要先装好Anaconda)
;BLAST是一种局部比对算法BLAST集成了多种不同的比对程序,用于实现不同的搜索目的BLAST过程随着查询序列长度的增加,比对速度会越来越快;BLAST常用的目标数据库的类型有核苷酸和蛋白质序列两种相关知识点: 试题来源: 解析 ;BLAST常用的目标数据库的类型有核苷酸和蛋白质序列两种 反馈 收藏 ...
Bowtie2 是一款经典的短读长序列( 50-100 bp,最多可到1000 bp ) 比对软件,支持 单端测序(unpaired) 和双端测序的比对。支持全局比对(end-to-end align ) 和 局部比对( local align )。 Bowie2 安装 Conda 安装 bowtie2(需要先装好Anaconda) 终端输入命令即可完成安装 conda install bowtie2 官网下载安...