转录组与代谢组联合分析是基于两个组学各自的标准分析结果,将差异基因和差异代谢物在代谢通路上的注释结果进行关联分析,可以在代谢通路上更好地解释转录调控机制。基于KEGG功能通路和基于表达量数据的关联分析是当前转录组+代谢组常用的两种分析策略。 1 基于K...
空间多组学技术能够解析转录组、代谢组、蛋白质组或表观遗传组水平上的空间分子谱。空间转录组学能够测量mRNA的表达,而基质辅助激光解吸电离质谱成像(MALDI-MSI)则能够在组织切片的特定光栅点处收集质荷比(m/z)光谱。将空间转录组学和MALDI-MSI相结合以生成多模块空间数据,能够更全面地理解和洞察切片点的生物状态。
一、转录组+代谢组联合分析 转录组和代谢组是两种重要的生物学研究方法，他们分别研究基因转录的mRNA水平和生物体内代谢产物的变化。转录组是研究功能基因的利器，主要是测定某一时期生物体在特定条件下基因的表达谱，即对RNA进行鉴定和定量，表达谱能反映机体的生理状态，如通过分析差别表达情况，去判定机体癌症相关的...
对ST-CY14处理的肿瘤组织的脂质代谢物进行了分析,结果显示ST-CY14处理组与对照组相比,多种脂质成分的相对丰度降低,这表明ST-CY14通过直接阻断Nur77-PPARγ相互作用,抑制了乳腺癌细胞的脂质代谢。 图1 不同组内的脂质成分水平和下调基因热图 经典案例二 转录组+代谢组联合开发靶向“纳米脂肪”可有效去除生物膜污染...
其中，转录组和代谢组的联合分析是一种常见的多组学研究方法。图1 转录组-代谢组关联分析流程图 一、 转录组和代谢组 PCA 比较分析 通过PCA方法，能够观察组内样本的聚集程度和组间样本的总体分布趋势，然后比较不同的组学的分布趋势的异同和变化。利用全部的基因与代谢物进行PCA的绘制。图2 转录组和代谢组的PCA...
基因表达以及表型性状的微小变化会在代谢层面得以放大，因此，代谢组学分析可以反映表型变化的分子机理。将转录组与代谢组进行联合分析可以实现基因表达与表型变化之间的连接，从“因”和“果”两个层面剖析生物学问题，通过筛选某一生物学过程中的关键基因以及代谢产物，构建核心的生物学代谢通路以及调控网络，解释影响表型...
多组学技术可以通过对生物多种组学进行分析,从而对不同层次分子在生命系统里的功能进行联合探究。转录组和代谢组是生物学研究中常用的两种高通量技术,转录组分析用于了解基因在不同条件下的表达情况,代谢组分析则可以揭示代谢物在不同条件下的变化。两种技术的结合可以更全面地...
图1:单细胞转录组和代谢组可通过相关代谢通路进行关联 一、单细胞转录组的差异分析 在不同分组的单细胞数据中,组间的差异通常会直观的反映在细胞数量上。因此我们可以首先关注存在明显细胞频率差异的细胞类型,接着寻找这个细胞类型的组间差异表达基因。最后再对找到的组间差异表达基因进行通路富集分析寻找关键代谢通路。
DEMs分析结果显示,下调的代谢产物数量高于上调的代谢产物,与转录组的结果一致。代谢组学联合分析显示,CS组个体主要通过脂质代谢和氨基酸代谢为机体提供能量,同时细胞凋亡途径被激活。而CT组的个体主要通过葡萄糖代谢和类固醇激素生物合成为身体提供能量。总之,这些结果为黑鲷适应气候变化和遗传选择提供了分子信息。
6、非靶向代谢组揭示了Bd根中Fg感应相关通路的变化 为了进一步表征根对Fg的反应,从处理和对照根中提取根分泌物和接触前代谢物,并使用非靶向代谢组学方法进行分析。使用预测化合物的主成分分析(PCA)评估代谢组学数据。两个主要成分解释了39.9%和18.4%的变化(图5A),表明不同处理中代谢物的总体变化。与Fg预接触的根...