我们今天要讲的染色质5'转座酶可及性测序,直接用于观察全基因组染色质开放景观的特征,即发现关键基因启动子区域的染色质开放状态水平(只有染色质处于开放状态了,才能有可能和转录因子/Transcription factor等转录调控相关因子结合)。这是理解的重点! 启动子区域的染色质结构变化和开放性的改变是基因表达调控的重要机制,...
单细胞染色质转座酶可及性的高通量测序(single‑cell assay for transposase‑accessible chromatin with high‑throughput sequencing, scATAC‑seq)是利用转座酶研究单细胞染色质开放性的高通量测序技术,对于研究全基因组的表观遗传调控具有...
内容提示: doi: 10.11857/j.issn.1674-5124.2020070084 染色质转座酶可及性测序研究与数据分析廖 彬 1 , 杨佳怡 2 , 陈桂芳 2 , 高运华 2 ,王 晶 2 ,任 歌 2(1. 北京化工大学,北京 100029; 2. 中国计量科学研究院,北京 100029)摘要: 在真核生物中,染色质作为遗传物质 DNA 的载体,直接参与基因的...
ZHAO Ruo-han, ZHAO Jing-ying, BAI Yi-cheng, ZHANG Rui-fang, JIA Jun-jing, DOU Teng-fei Biotechnology Bulletin . 2023, (12): 109 -117 . DOI: 10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2023-0518 Website Copyright © Biotechnology Bulletin Tel: 86-010-82109925, 82109903 E-mail: biotech@caas....
染色质转座酶可及性测序(assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing,ATAC-seq)诞生于2013年,具有比脱氧核糖核酸酶I超敏感位点测序(deoxyribonuclease I hypersensitive site sequencing,DNase-seq)和微球菌核酸酶敏感位点测序(micrococcal nuclease sequencing,MNase-seq)更快速,灵敏,简便的...
scATAC‑seq)是利用转座酶研究单细胞染色质开放性的高通量测序技术,对于研究全基因组的表观遗传调控具有重要 的意义.可从多个维度揭示有关染色质"组装"的重要信息,从而映射出细胞中的转录因子调控蛋白的结合区域和核小体定位等 信息.目前,scATAC‑seq 技术已在生物和医学领域得到广泛应用,主要用于开放染色质图谱的...
作用下裂解细胞核,在桥连引物的帮助下将特异性分子标签序列与分子标记微珠上的分子标记序列连接,并通过PCR扩增获得大量序列,构建获得测序文库,然后进行高通量测序,一次测序便可以获得上百万个单细胞的特异性基因组开放性信息,大大提高了单细胞测序的通量,积极推动基于微孔板的单细胞高通量染色质转座酶可及性测序技术的...
转座酶可及性染色质测序法联合RNA测序探究解旋酶样转录因子基因的缺失对肝细胞癌的影响 张艺旋, 马亚锐, 王小兵, 焦宇辰 Assay for transposase-accessible chromatin using sequencing combined with RNA sequencing to explore the effect of helicase like transcription factor deletion on hepatocellular carcinoma ...
目的:目前对于脓毒症诱发的肺组织免疫细胞功能紊乱的机制尚不明确,本研究以单细胞转座酶染色质可及性测序(single cell assay for transposase accessible chromatin sequencing,sc ATAC-seq)为切入点,从全基因组水平上分析脓毒症小鼠肺组织免疫细胞的染色质可及性,探索相关致病基因,通路和生物过程,并寻找相关转录因子,...
为建立适用于多种禾本科植物染色质转座酶可及性测序(assay for transposase accessible chromatin with high-throughput sequencing, ATAC-seq)的细胞核提取和建库体系,本试验以水稻,小麦和结缕草的叶片及根系为研究材料,通过控制变量试验确定最佳的细胞核提取方法:采用液氮研磨样品,初步提核离心速度选取1200×g,2次ORB...