ATAC-seq应用广泛,常用的可以分为以下三点: 用于不同病理状态和疾病分组的患者组织细胞/血液细胞的染色质开放景观全景图谱的绘制,同时可与mRNA表达信息进行整合,并从中得到转录异常调控的信息; 单细胞ATAC组学研究可以从单细胞的角度分析特定细胞群(比如免疫细胞,间质细胞,肿瘤细胞等)表观遗传学信息的异质性; 用于研究...
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)是通过使用高通量测序对转座酶可接近性核染色质区域进行分析的一种创新表观遗传学研究技术。该技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,进而获得在该特定时空下基因组中所有活跃转录的调控序列。 真核生物的DNA并不...
1.6 dsci‑ATAC 1.7 10X Genomics 2 scATAC-seq 的数据分析 3 scATAC-seq 的应用 3.1 染色体开放性图谱绘制 3.2 疾病潜在标志物的预测 3.3 肿瘤发生表观机制研究 3.4 转录因子的关键功能 4 展望 向下滑动查看更多 scATAC‑seq是一种...
染色质转座酶可及性测序(assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing,ATAC-seq)诞生于2013年,具有比脱氧核糖核酸酶I超敏感位点测序(deoxyribonuclease I hypersensitive site sequencing,DNase-seq)和微球菌核酸酶敏感位点测序(micrococcal nuclease sequencing,MNase-seq)更快速,灵敏,简便的优...
摘要 染色质转座酶可及性测序(assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing,ATAC-seq)诞生于2013年,具有比脱氧...展开更多 Assay for transposase accessible chromatin with high-throughput sequencing(ATAC-seq)was developed in 2013.It has the advantages of more convenient operation...
throughput sequencing)使用修饰的tn5转座酶,可以将特定dna序列作为转座子随机插入到染色质的开放区域,能够完整地将整个开放区域的序列直接捕获下来,所以atac ‑ seq现在被广泛应用到开放染色体的测序当中(agbleke aa,et.al.,advances in chromatin and chromosome research:perspectives from multiple fields.mol cell.20...
为建立适用于多种禾本科植物染色质转座酶可及性测序(assay for transposase accessible chromatin with high-throughput sequencing, ATAC-seq)的细胞核提取和建库体系,本试验以水稻,小麦和结缕草的叶片及根系为研究材料,通过控制变量试验确定最佳的细胞核提取方法:采用液氮研磨样品,初步提核离心速度选取1200×g,2次ORB...
1 scATAC-seq 技术的发展历程 scATAC‑seq 技术是基于单细胞和 ATAC‑seq 技 术发展起来的,可在单细胞水平上高通量,高分辨 率地检测异质性细胞群的染色质可及性.该技术通 过在 Tn5 转座酶结合的接头序列中添加可区分细胞 来源的细胞身份标记序列,实现对捕获 DNA 片段的 细胞来源的标记,从而实现高通量的单...
染色质转座酶可及性测序(ATAC-seq)技术是在全基因组水平上揭示染色质可及性的有效方法,近年来在分析畜禽的染色质可及性后确定不同品种间基因表达调控机制的异同中发挥了巨大潜力,为复杂的生物系统提供了许多有价值的见解.本文对ATAC-seq技术在畜禽分子育种中的应用如肌肉发育,脂肪沉积,育种及繁殖,疾病等方面进行综述...
随着高通量测序技术的进步以及测序成本的降低,研究者已开发多种研究染色质可及性的测序方法,该文介绍 4 种常见的染色质可及性测序方法,对其中的染色质转座酶可及性测序(assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing,ATAC-seq) 的原理和数据分析方法进行重点描述,讨论 ATAC-seq 的应用...