🌐 调控网络构建: 此步骤是为了筛选可能调控靶基因(DORC genes)的转录因子(TF)。作者定义了两个指标来衡量TF对gene的调控强度。一是enrichment指标,即看每个TF是否会结合下游genes附近开放的motifs,具体富集方法可见chromVARmotifs包;二是correlation指标,即看每个TF的基因表达与其DORC评分是否有相关性,若相关性越强,则...
研究这种调控网络是理解细胞发育、生长和疾病发生的关键所在。本文将介绍基因表达调控网络的构建和分析方法。 基因表达调控网络构建方法 1.转录因子(TF)靶基因预测 转录因子是基因表达调控网络的主要因素之一。传统的方法是通过ChIP-seq或类似的技术,鉴定TF与某一特定基因的结合情况。但是这种方法费时费力,且只适用于...
基于GEO数据库,发现了166个与DN状态下糖尿病肾小管间质损伤相关的差异表达基因(DEG)。通过前10位转录因子的转录因子基因鉴定及调控网络构建数据库筛选出参与糖尿病肾小管间质损伤的转录因子基因用于注释、可视化和集成发现。通过Cytosc软件可视化前10个ape转录因子与其靶基因之间的调控网络。使用DAVID在线工具对受已识别...
2.基因调控网络构建 基于基因表达谱分析结果,研究者们构建了盐酸赛庚啶的基因调控网络。该网络主要包括以下几个关键基因和通路: (1)神经递质代谢相关基因:如5-羟色胺(5-HT)受体、多巴胺(DA)受体和去甲肾上腺素(NE)受体等。这些基因的表达上调可能与盐酸赛庚啶的抗焦虑和镇痛作用有关。 (2)细胞信号传导相关基因...
图2 候选关键增强子调控网络的构建 接下来，研究团队基于猪/鼠3个层面的保守关系（DNA序列保守、表观信号保守、共线性保守）选择增强子在小鼠C2C12细胞中进行成肌分化的功能验证实验（如图3所示）。对20个Con型关键增强子在小鼠基因组上的同源序列展开分析，结果发现共有4个增强子满足上述的三重保守性。其中，增强子Chr...
ceRNA调控网络构建TCGA数据库-1 13:41 ceRNA调控网络构建TCGA数据库-2 12:23 ceRNA调控网络构建TCGA数据库-3 10:29 ceRNA调控网络构建TCGA数据库-4 11:46 ceRNA调控网络构建TCGA数据库-5 12:26 ceRNA调控网络构建TCGA数据库-6 12:26 ceRNA调控网络构建TCGA数据库-7 12:05 ceRNA调控网络构建TCGA数据...
例如,在IBD患者中,分析肠道菌群变化与炎症相关宿主基因表达的关系,以及与疾病活动度等临床指标的关联,为基于菌群-宿主基因互作调控网络的疾病诊断、治疗和预后评估提供临床依据。通过大规模临床样本的验证,可以提高菌群-宿主基因互作调控网络研究结果的可靠性和临床转化价值。 菌群与宿主基因互作调控网络构建 四、菌群与...
一、基因调控网络的构建方法 基因调控网络的构建方法主要包括基因表达数据的获取、细胞系的选择、基因调控关系的推断等步骤。 1.基因表达数据的获取 基因表达数据可以通过高通量测序技术获取,如RNA-seq和microarray。通过这些技术,可以得到不同条件下的基因表达水平信息,为构建基因调控网络提供数据基础。 2.细胞系的选择 ...
研究构建了GmARF16的突变体,表型数据表明GmARF16是大豆耐盐性的负调控因子,可作为提高耐盐性工程策略的靶点。 4. 盐胁迫下GmARF16下游靶点的鉴定 为了进一步探索miR160a介导的GmARF16表达重编程如何影响大豆的耐盐性,研究首先利用过表达GmARF16的植物(GmARF16-OE)和野生型DN50植物的根样本进行了RNA测序。结果共...