其次是靶基因预测,通过生物信息学工具和算法,根据miRNA的序列特征来预测其可能调控的靶基因,这一步至关重要,因为它为后续的验证研究提供了候选基因列表。最后是靶基因验证,通常通过分子生物学实验,如荧光素酶报告基因检测、降解组、RLM-5’RACE和功能验证等方法,验证预测的靶基因是否真正受到miRNA的调控。这些技术的综...
通路基因表达矩阵,该文件的行列分别表示通路基因名称和样品。 图片.png TF_data.csv TFs表达矩阵,该文件的行列分别表示转录因子名称和样品。 图片.png 2、use_bwerf.R ###parameters need to change###number of coresncore=14#pathway gene file name, the file must be .csv filepathway_file="./example_...
构建基因调控网络并鉴定关键基因，发现关键基因ETV6在所有亚型中均上调表达。总的来说，基于scRNA-seq构建的基因调控网络可以帮助研究人员解析瘤內异质性并鉴定关键基因。流程图 1. 数据的获取和整理 本文从GEO数据集下载包含6个TNBC患者的scRNAseq数据（GSE118390），并下载了240例乳腺癌表达谱数据。2. TNBC患者的分子...
从GEO数据库中获得骨关节炎滑膜数据。采用单样本基因集富集分析(ssGSEA)和GSEA分别分析免疫浸润和巨噬细胞相关生物学通路的差异。利用蛋白质相互作用(PPI)网络分析和机器学习建立巨噬细胞相关基因诊断标记(MAGDS)。RT-qPCR检测小鼠模型中关键MAGs的表达。构建ceRNA调控网络。
研究构建了GmARF16的突变体,表型数据表明GmARF16是大豆耐盐性的负调控因子,可作为提高耐盐性工程策略的靶点。 4.盐胁迫下GmARF16下游靶点的鉴定 为了进一步探索miR160a介导的GmARF16表达重编程如何影响大豆的耐盐性,研究首先利用过表达GmARF16的植物(GmARF16-OE)和野生型DN50植物的根样本进行了RNA测序。结果共...