其次是靶基因预测,通过生物信息学工具和算法,根据miRNA的序列特征来预测其可能调控的靶基因,这一步至关重要,因为它为后续的验证研究提供了候选基因列表。最后是靶基因验证,通常通过分子生物学实验,如荧光素酶报告基因检测、降解组、RLM-5’RACE和功能验证等方法,验证预测的靶基因是否真正受到miRNA的调控。这些技术的综...
通路基因表达矩阵,该文件的行列分别表示通路基因名称和样品。 图片.png TF_data.csv TFs表达矩阵,该文件的行列分别表示转录因子名称和样品。 图片.png 2、use_bwerf.R ###parameters need to change###number of coresncore=14#pathway gene file name, the file must be .csv filepathway_file="./example_...
构建基因调控网络并鉴定关键基因，发现关键基因ETV6在所有亚型中均上调表达。总的来说，基于scRNA-seq构建的基因调控网络可以帮助研究人员解析瘤內异质性并鉴定关键基因。流程图 1. 数据的获取和整理 本文从GEO数据集下载包含6个TNBC患者的scRNAseq数据（GSE118390），并下载了240例乳腺癌表达谱数据。2. TNBC患者的分子...
从GEO数据库中获得骨关节炎滑膜数据。采用单样本基因集富集分析(ssGSEA)和GSEA分别分析免疫浸润和巨噬细胞相关生物学通路的差异。利用蛋白质相互作用(PPI)网络分析和机器学习建立巨噬细胞相关基因诊断标记(MAGDS)。RT-qPCR检测小鼠模型中关键MAGs的表达。构建ceRNA调控网络。
大豆盐胁迫反应中miR160a-GmARF16-GmMYC2调控网络的模型 爱基小结 在植物miRNA研究策略中,主要运用到三类关键技术。首先是miRNA定量,这一技术用于测量和分析miRNA的表达水平,从而了解其在不同生长阶段或环境条件下的动态变化。其次是靶基因预测,通过生物信息学工具和算法,根据miRNA的序列特征来预测其可能调控的靶基因,...