(2)蛋白-蛋白复合物形状互补度大致在0.6-0.8之间,说明模型结果更佳(3)氨基酸堆积紧密度(packstat)在0.65以上,那么模型较优(4)未饱和成键的极性原子数量(delta_unsatHbonds)数量越少,说明界面极性和非极性局部区域匹配地更好4.2 初猜构象的影响除此以外,蛋白-蛋白对接精度和可信度还和初始构象等有比较大的关系。
近年来,RosettaDock也发展出了针对特殊蛋白家族提供的算法如针对抗体-抗原对接的SnugDock、同源多聚体组装对接的SymmetricDock、多肽-蛋白对接的FlexPepDock、以及最新的Motif Score打分函数等等。 本文将简要的介绍常规的RosettaDock4.0 蛋白-蛋白复合物对接预测的基本框架和用法。 二、基本原理和算法 RosettaDock4.0的基本...
为了解决这个问题,北京大学、昌平实验室等机构的研究团队提出了用于受限复合物构象预测的通用框架——ColabDock,它是一个由稀疏实验约束引导的蛋白质-蛋白质对接的通用框架。 通过梯度反向传播,该方法有效地整合了实验约束的先验和数据驱动的蛋白质结构预测模型的能量景观,自动搜索满足两者的构象,同时容忍约束中的冲突或模...
在蛋白-蛋白相互作用研究中，RosettaDock4.0凭借其在结构预测领域的卓越表现，尤其在处理柔性骨架的蛋白质复合物对接上，扮演着关键角色。其流程包括两个阶段，初始的低分辨率阶段关注骨架匹配，随后考虑全部侧链以实现更精确的相互作用能量计算。本文将深入介绍其基本原理、算法步骤以及如何进行实际操作。基本使...
软对接算法提出了一种有效的软对接算法,用于有效的软对接算法,用于在已知受体和配体三维结构的条件下预测蛋白质-蛋白质复合物的结构.该算法的分子模型基于Janin提出的简化蛋白质模型.并在此基础上有所改进.对蛋白质分子表面的柔性氨基酸残基Arg,Lys,Asp,Glu和Met进行了特殊处理,通过软化分子表面的方式考虑了它们的侧链...
分子对接软件参数 2. 材料和方法 2.1 标准数据集 标准数据集包含2002个具有高分辨率晶体结构和实验结合亲和力数据的蛋白质配体复合物,这些数据是从PDBbind数据库中选择的。最新的PDBbind数据库(2014版)包含超过3400个复合物结构。为了避免在对接计算过程中处理具有非标准残基的蛋白质的失败,所有与任何其他杂原子的蛋白质...
一、蛋白质小分子复合物对接预测的意义和应用 蛋白质小分子复合物对接预测技术能够帮助科学家们研究蛋白质与小分子之间的相互作用,从而加深对生物学过程和疾病发生机制的理解。该技术还可应用于药物研发领域,例如通过预测药物与靶标蛋白质的结合方式,为药物设计和筛选提供重要的参考信息。 二、基于Python的蛋白质小分子...
为了推进分子对接方法的发展, 欧洲生物信息学中心组织了国际蛋白质复合物结构预测(CAPRI)竞赛. 通过参加 CAPRI 竞赛, 逐步摸索出了一套用于蛋白质复合物结构预测的集成蛋白质-蛋白质分子对接方法 HoDock, 它包括结合位点预测、初始复合物结构采集、精细复合物结构采集、结构成簇和打分排序以及最终复合物结构挑选等主要...
基于谱聚类的蛋白质对接复合物最佳预测结构的挑选方法 蛋白质结构预测过程中常会生成大量候选结构,需从中挑选出最佳预测结构.聚类是一种常见的挑选方法,根据候选结构间的相似度将其划分成不同的类别.与传统聚类算法不同,谱... 蔡磊鑫,陈荣,吕强 - 《小型微型计算机系统》 被引量: 2发表: 2015年 ...
利用分子对接方法可以预测获得蛋白质和小分子的复合物结构。 A. 对 B. 错 你可能感兴趣的试题 单项选择题 急性肺水肿特征性表现是 A..端坐呼吸 B.闻哮鸣音 C.严重气急 D.咳粉红色泡沫痰 E.口唇青紫伴大汗 点击查看答案手机看题 单项选择题 对于反应A+B=C,其反应级数与反应分子数相等。