为了解决这个问题，北京大学、昌平实验室等机构的研究团队提出了用于受限复合物构象预测的通用框架——ColabDock，它是一个由稀疏实验约束引导的蛋白质-蛋白质对接的通用框架。通过梯度反向传播，该方法有效地整合了实验约束的先验和数据驱动的蛋白质结构预测模型的能量景观，自动搜索满足两者的构象，同时容忍约束中的冲突或...
RosettaDock是蛋白-蛋白对接领域的一名老将,久经CAPRI的考验。特别擅长于蛋白-蛋白复合物局部构象的探索。许多已发表的文章都是使用RosettaDock进行最后的优化,其地位可见一斑。 近年来,RosettaDock也发展出了针对特殊蛋白家族提供的算法如针对抗体-抗原对接的SnugDock、同源多聚体组装对接的SymmetricDock、多肽-蛋白对接的...
RosettaDock是蛋白-蛋白对接领域的一名老将,久经CAPRI的考验。特别擅长于蛋白-蛋白复合物局部构象的探索。许多已发表的文章都是使用RosettaDock进行最后的优化,其地位可见一斑。 近年来,RosettaDock也发展出了针对特殊蛋白家族提供的算法如针对抗体-抗原对接的SnugDock、同源多聚体组装对接的SymmetricDock、多肽-蛋白对接的...
上海交通大学郑双佳课题组联合星药科技、中山大学药学院以及美国莱斯大学,提出了为蛋白质「动态对接」设计的几何深度生成模型 DynamicBind,可以有效地将蛋白质构象从最初的 AlphaFold 预测状态调整到 holo-like 状态,为后 AlphaFold 时代的药物研发提供了一种基于深度学习的、考虑蛋白动态变化的新研究策略。 蛋白质是生命...
蛋白质是生命的物质基础,其功能与蛋白质结构、构象的动态性紧密相关,并且受配体调节。蛋白质-配体的相互作用研究对于药物的发现与筛选,具有重要意义。纵观其研究进程,AlphaFold 的面世是一个里程碑式突破,能…
RosettaDock4.0：蛋白-蛋白复合物对接预测详解 在蛋白-蛋白相互作用研究中，RosettaDock4.0凭借其在结构预测领域的卓越表现，尤其在处理柔性骨架的蛋白质复合物对接上，扮演着关键角色。其流程包括两个阶段，初始的低分辨率阶段关注骨架匹配，随后考虑全部侧链以实现更精确的相互作用能量计算。本文将深入介绍其...
第一个模型从初始对接姿态预测蛋白质−配体对的最佳对接姿态,第二个模型评估第一个模型的输出姿态,并预测该姿态是否接近原始姿态。 2.1姿势预测 基于PDBbind 2017数据集,并从中删除具有少于两个可旋转键的蛋白质−配体复合物以及具有多个配体的蛋白质,姿态预测模型的输入原子特征是一个复合体中的原子数乘21(每个...
实现蛋白质动态对接预测!上海交大/星药科技/中山大学等联合推出几何深度生成模型DynamicBind,蛋白质是生命的物质基础,其功能与蛋白质结构、构象的动态性紧密相关,并且受配体调节。蛋白质-配体的相互作用研究对于药物的发现与筛选,具有重要意义。纵观其研究进程,AlphaF
蛋白预测互作-分析对接-pymol绘图。1⃣代做用AlphaFold3对接一对蛋白,一个蛋白一个核酸,预测是否互作,是否是强互作,🉑分析核心位点,出核心figure图,精准度高,大于生物学验证。 2⃣代做用ESMFold高效预测蛋白质 - Ai蛋白互作科研助手于20241014发布在抖音,已
模型的第一部分为“构象预测GNN”，用于预测蛋白-配体复合物的最佳对接构象，工作流程如图1a所示。使用该模型预测时，首先，需要利用MedusaDock得到复合物的初始对接构象作为输入，并将其转化为图表征从而对该构象中的关键特征信息进行提取。然后，构象预测模型会利用TransformerConv Layer对复合物中柔性原子的移动距离进行...