一、寻找一个蛋白质BCAR2,我们在ncbi网站中找到相关的某个基因的protein进入到网址中,找到相关的蛋白质的序列信息fasta https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/AAB07223.1?report=fasta二… 生信小盆 推荐几个常用蛋白质的序列分析网站 苏州阿尔法...发表于实验室仪器... 蛋白质组学研究中常用的网站和数据库 一...
蛋白质三级结构预测 1. 同源建模(SWISS-MODEL) 蛋白质结构同源模建(又称同源模拟、同源建模)的理论基础是蛋白质的三级结构比蛋白质的一级结构更为保守。 2. 折叠识别 基本原理:从蛋白质结构数据库中识别与待测序列具有相似折叠类型,进而实现对待测...
https://scansite4.mit.edu/4.0/#home Scansite可以帮助我们预测蛋白质内部的磷酸化位点、特定结构域结合区、序列查找、蛋白质分子量等等。网站提供基本的使用教程，感兴趣的小伙伴可以浏览该网站，学习使用相关的工具。http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos/ 这个网站可以进行真核蛋白中磷酸化位点神经网络预测，...
1. Hitpredict网站收集了IntAct, BIOGRID 和 HPRD数据库中的由高通量实验或者是小规模实验得到的蛋白质互作关系,综合了三大数据库的内容,数据准确全面。此外,还有根据互作得分估计的蛋白质相互作用。 2. 目前为止,网站已经收集了人类,小鼠等9个物种的蛋白质...
下面是比较常见的蛋白质结构预测网站: 1. Protean3D:这是一个用于蛋白质结构预测的非常流行的网站,有一个易于使用的图形用户界面,可以使用免费的计算机资源来进行模拟。它还提供了许多有用的工具,如标准化的序列比对,位点推理等。 2.I-TASSER:这是一个专为蛋白质结构预测而设计的软件包,它使用动力学模拟来模拟蛋...
蛋白质活性中心预测是生物信息学领域中的一项重要任务，涉及预测蛋白与蛋白或小分子之间的相互作用位点。以下是几种用于蛋白质活性中心预测的网站汇总：1. CASTp：提供网址sts.bioe.uic.edu/castp/，用于预测蛋白活性位点，网站加载速度较慢。2. ConSurf：网站为consurf.tau.ac.il/consu...，支持基于...
网站：SPPIDER.CCHMC.ORG/ 能够预测单个蛋白的活性位点，甚至整个蛋白-蛋白表面，及基于序列预测反应位点。蛋白-小分子活性中心预测：网站：PLAYMOLECULE.COM/ 此网站提供蛋白-小分子活性中心预测，但打开速度较慢，需要耐心等待。网站：PROTEINS.PLUS/ 我常用此网站预测蛋白小分子活性中心，上传蛋白结构后，...
⑦STRING：STRING是一个蛋白质互作关系数据库，整合了多种数据源的蛋白质互作信息，包括实验验证的互作、计算预测的互作和文献报道的互作。它提供了蛋白质互作网络的可视化和分析工具，用于研究蛋白质相互作用网络和功能模块。STRING: https://string-db.org/ ⑧InterPro：InterPro是一个蛋白质家族和结构域注释数据库，...
STRING是一个蛋白质互作关系数据库,整合了多种数据源的蛋白质互作信息,包括实验验证的互作、计算预测的互作和文献报道的互作。它提供了蛋白质互作网络的可视化和分析工具,用于研究蛋白质相互作用网络和功能模块。 12 SMART数据库 ☑️网址:smart.embl-heidelberg.de SMART是一个蛋白质结构和功能域注释数据库,提供了...
5、CPLM和GlyStruct：这些工具专注于蛋白质糖基化位点的预测，使用深度学习模型来提高预测精度。6、MoMe...