先导化合物发现 研究使用 OpenVS 平台筛选针对两种不相关蛋白质的数十亿个化合物库：KLHDC2（一种人类泛素连接酶）和人类电压门控钠通道 NaV1.7。整个虚拟筛选过程在本地 HPC 集群上在七天内完成，每个目标配备了 3000 个 CPU 和一个 RTX2080 GPU。图示：深度学习加速虚拟筛选发现 KLHDC2 结合剂。（来源：论文...
HLL 库是将250万有库存化合物经MedChemfilters、PAINS等过滤后得到的化合物库，从而保持最高水平的多样性，库中约 2000 化合物超出 RO5 原则，以实现更多的多样性。Fig. 3 HLL 200 库和 HLL500 库的组成和特点 以上化合物库可以整库用于高通量实验筛选；也可以在 MCE 虚拟筛选后，选择部分高分化合物组库进行...
Fig. 3 HLL 200 库和 HLL500 库的组成和特点 以上化合物库可以整库用于高通量实验筛选;也可以在 MCE 虚拟筛选后,选择部分高分化合物组库进行实验验证。MCE 和 Enamine 强强联合,为广大科研工作者提供前沿和最多样化的化合物库和大规模的虚拟筛选服务。详询当地市场经理或授权经销商。
常见的化合物库设计软件有 MOE (CCG), Chemosoft (Chemdiv), SmartMining (Chemdiv), ISIS Base (MDL), KNIME, NeuroSolution (NeuroDimension), PyMOL (Schrödinger), ICM Pro (Molsoft), AutoDock (Scripps), Discovery Studio (Accelrys) 等等。 这些软件用途广泛,大致分为以下几类: 01数据储存与管理 ...
ROCS是一款基于三维形状相似性的虚拟筛选工具,通过形状比较快速地识别潜在的活性化合物,其中,FastROCS是目前基于3D形状的最快方法之一。然而,生成和搜索超过几百万个分子的三维构象数据库可能需要大量的硬件资源,使得本地计算机资源紧张。在本文,作者是在OpenEye云平台Orion中的FastROCS,实现了10^5-10^10数量级虚拟...
这些化合物符合类药 5 原则且具有最佳反应性和基本稳定性。FIG 3. CovalentScreening Library 的"弹头"结构 以上化合物库可以整库用于高通量实验筛选；也可以在MCE 虚拟筛选后，选择部分高分化合物组库进行实验验证。MCE 和 Enamine 强强联合，为广大科研工作者提供前沿和最多样化的化合物库和大规模的虚拟筛选服务。
药物筛选管理系统(DSMS)是一款综合虚拟筛选与的药物筛选数据管理系统,内置化合物资源库,为大规模化合物高通量筛选提供数据管理一站式解决方案,加速药物发现。该系统整合虚拟筛选、实体筛选及化合物资源三大模块,数据相互关联。 基于相似性原理,从化合物资源库中查找相似化合物,从而进行生物实验验证,并将筛选数据通过实体...
Kynurenine Pathway Library是通过分子对接、药效团模型匹配等精心挑选的化合物库，库中化合物靶向犬尿氨酸代谢关键酶：indoleamine dioxygenase (IDO)、tryptophandioxygenase (TDO)、3-hydroxyanthranilic acid dioxygenase(3-HAO)等。Fig 1. IDO1 活性位点示意图：左上为 2D0T (PDB ID)，左下为 4PK5 (PDB ID)，...
ChemBridge虚拟筛选数据库,拥有超130万个多样性的化合物,包括多种类型(化合物片段、大环类化合物、类天然产物)和多种蛋白靶点(GPCR受体、核受体、激酶、离子通道)化合物的SDflies。 选择ChemBridge数据库进行虚拟筛选,涵盖了针对不同蛋白靶点的化合物,助力广大科研工作者高效地筛选出更优质苗头化合物和先导化合物。如...
在利用殷赋云平台进行高效的虚拟对接分析时,合理选择化合物库是确保研究质量与效率的关键。 针对化合物数量的不同,平台提供了智能的推荐策略:当你的化合物库规模超过1万时,建议采用Vina方案数据库,它以其卓越的筛选速度与广泛适用性著称,尤其适合大规模数据集的快速评估;而如果化合物数量少于1万,Dock 6.9方案数据库...