在此，研究人员旨在开发一种「最先进的」（SOTA）基于物理的虚拟筛选方法和一个开源虚拟筛选平台，能够稳健高效地筛选数十亿种化合物库。AI 加速虚拟筛选平台 该团队此前开发的 Rosetta GALigandDock 是一种配体对接方法，它使用基于物理的力场 RosettaGenFF，在配体对接精度方面表现出色。该方法可以精确建模蛋白质-配体...
同时借助计算机技术和专业应用软件的虚拟筛选(virtual screening, VS)作为CADD(计算机辅助药物设计)中的一项实用技术,可大大减少实验筛选化合物数量,大幅提高筛选效率,在新药发现中也发挥着非常重要的作用。
HLL 库是将250万有库存化合物经MedChemfilters、PAINS等过滤后得到的化合物库，从而保持最高水平的多样性，库中约 2000 化合物超出 RO5 原则，以实现更多的多样性。Fig. 3 HLL 200 库和 HLL500 库的组成和特点 以上化合物库可以整库用于高通量实验筛选；也可以在 MCE 虚拟筛选后，选择部分高分化合物组库进行...
Fig. 3 HLL 200 库和 HLL500 库的组成和特点 以上化合物库可以整库用于高通量实验筛选;也可以在 MCE 虚拟筛选后,选择部分高分化合物组库进行实验验证。MCE 和 Enamine 强强联合,为广大科研工作者提供前沿和最多样化的化合物库和大规模的虚拟筛选服务。详询当地市场经理或授权经销商。
ROCS是一款基于三维形状相似性的虚拟筛选工具,通过形状比较快速地识别潜在的活性化合物,其中,FastROCS是目前基于3D形状的最快方法之一。然而,生成和搜索超过几百万个分子的三维构象数据库可能需要大量的硬件资源,使得本地计算机资源紧张。在本文,作者是在OpenEye云平台Orion中的FastROCS,实现了10^5-10^10数量级虚拟...
ChemBridge虚拟筛选数据库,拥有超130万个多样性的化合物,包括多种类型(化合物片段、大环类化合物、类天然产物)和多种蛋白靶点(GPCR受体、核受体、激酶、离子通道)化合物的SDflies。 选择ChemBridge数据库进行虚拟筛选,涵盖了针对不同蛋白靶点的化合物,助力广大科研工作者高效地筛选出更优质苗头化合物和先导化合物。如...
药物筛选管理系统(DSMS)是一款综合虚拟筛选与的药物筛选数据管理系统,内置化合物资源库,为大规模化合物高通量筛选提供数据管理一站式解决方案,加速药物发现。该系统整合虚拟筛选、实体筛选及化合物资源三大模块,数据相互关联。 基于相似性原理,从化合物资源库中查找相似化合物,从而进行生物实验验证,并将筛选数据通过实体...
MCE 计算化学团队充分考虑化合物的类药性,剔除了虚拟组合化合物库中所有不符合“Lipinski”五原则(MW<500 g/mol、HBD<5、HBA<10、LogP<5、RB<10、PSA<140 Å)的分子。除此之外,库中分子经进一步过滤筛选(MedChem/REOS Filter),剔除了不合适的化学结构(如泛测定干扰/PAINS 化合物),避免“目标错误”。
这些化合物符合类药 5 原则且具有最佳反应性和基本稳定性。FIG 3. CovalentScreening Library 的"弹头"结构 以上化合物库可以整库用于高通量实验筛选；也可以在MCE 虚拟筛选后，选择部分高分化合物组库进行实验验证。MCE 和 Enamine 强强联合，为广大科研工作者提供前沿和最多样化的化合物库和大规模的虚拟筛选服务。
Kynurenine Pathway Library是通过分子对接、药效团模型匹配等精心挑选的化合物库，库中化合物靶向犬尿氨酸代谢关键酶：indoleamine dioxygenase (IDO)、tryptophandioxygenase (TDO)、3-hydroxyanthranilic acid dioxygenase(3-HAO)等。Fig 1. IDO1 活性位点示意图：左上为 2D0T (PDB ID)，左下为 4PK5 (PDB ID)，...