近年来,我院李哲/海南大学药学院罗海彬联合研究团队在基于自由能微扰的药物设计新方法取得系列重要进展,取得药物设计关键技术的突破,实现自由能微扰(FEP)/药物设计新方法的国产化和自主可控。近日,该团队提出了一种"基于组合结构的相对结合自由...
精准地计算结合自由能,一方面可以从模拟角度分析分子之间的相互作用,另一方面也可以为实验提供支撑并指导实验设计。本次,我们向大家介绍一种精确地自由能计算方法:自由能微扰(FEP)。 如下图所示,直接计算受体-配体之间的结合自由能是比较困难的,但是通过炼金术方法,可以将自由能的计算转化在热力学循环中。 (Chem. ...
计算结合自由能之自由能微扰,本视频由王老师的MD模拟课堂提供,0次播放,好看视频是由百度团队打造的集内涵和颜值于一身的专业短视频聚合平台
自由能微扰法的基本原理是通过引入一个微扰势能来模拟溶剂中溶质的相互作用。首先,在一个参考溶剂中计算溶质的自由能,然后通过微扰势能逐渐将溶剂替换为目标溶剂,并在每个阶段计算微扰后的自由能差。最后,通过对所有阶段的微扰自由能差进行积分,得到溶剂自由能的估计值。 在自由能微扰法中,选择合适的微扰路径是非常关键...
自由能微扰方法是一种计算方法,用于研究系统在微扰下的自由能变化。其基本原理是通过引入微小的扰动,计算系统的响应,进而推断系统自由能的变化。这种方法在计算系统性质、相变行为和反应动力学等方面具有重要的应用价值。 二、应用案例 1. 材料科学领域:自由能微扰方法在材料的相变研究中发挥重要作用。例如,通过微扰计算...
目标: 完成靶点3HTB与苯环的绝对结合自由能计算(ABFE)以估算小分子对靶点蛋白的亲和力 解决问题:自由能计算难以在本地完成,GPU使用费用也相对较高,本流程充分利用大厂免费GPU额度完成该计算。 依赖:所有软件均为开源+全过程代码 (openmm, yank, bash shell) 费用:免费或者少量付费(取决于模拟时间) 平台/方式:百度...
自由能微扰 自由能微扰基于纯国产分子动力学模拟库SPONGE,产生自动化FEP工作流,端到端计算配体修饰造成的亲和能改变。 单击“自由能微扰”功能卡片,进入上传文件页面。 在上传页面右侧,选择上传受体,上传配体,选择中心配体。 上传受体:受体仅支持PDB格式的文件。
相对自由能微扰(RFEP)及类似方法虽是结合亲和力预测的标准工具,但计算成本高,且需依赖已知活性的结构类似物。相比之下,绝对自由能微扰(AFEP)在理论上更能准确鉴定命中率,但其处理速度慢,与虚拟筛选的快速对接和评分函数标准不符。 本研究提出了一种结合主动学习和基于物理的评分函数的综合工作流程,利用快速的绝对自由...
自由能微扰计算的关键在于计算系统的自由能变化。自由能是描述系统稳定性和平衡态的重要物理量,它可以通过统计力学的方法来计算。在微扰计算中,我们通过将自由能展开成扰动的幂级数来近似计算自由能的变化。 为了进行自由能微扰计算,我们需要使用一些数学工具和计算方法。其中一种常用的方法是配分函数方法,它可以将系统...
相较于热力学积分法,自由能微扰法更侧重于通过局部扰动来推算体系的自由能变化;尤其在多体系统的处理上;表现出了极大的优势。想象一下,当你用手指轻轻按压一块橡皮,虽然按压力微小,但它对橡皮形状的改变却能反映出力学变化的本质。同理,自由能微扰法也通过类似的微小变化来捕捉复杂体系的热力学响应。而这种方法...