自由能微扰计算 接下来,可以采用微扰展开的方法来计算系统的自由能。微扰展开是将系统的自由能用微扰哈密顿量的各阶项展开,然后计算每个阶项对自由能的贡献。 在一阶微扰论中,可以通过计算微扰哈密顿量在基态波函数上的期望值来得到系统的一阶微扰能量。这个期望值可以写成以下形式: $$ E_1=\langle0|H'|0\...
微扰方法是一类历史悠久并有效的自由能计算方法。对于两个哈密顿(或者说state,态),0态和1态。利用微扰方法可以提高自由能计算的精确度,或者可以只通过0态的模拟,来得到1态的自由能信息。 推导 我们不妨把0态的哈密顿记为 H0(x,p) ,1态的哈密顿记为 H1(x,p)。 H0 与H1 的关系记为H1(x,p)=H0(x,p...
从上式可以看出自由能之差的系综平均可以由两个体系的平均通过近似计算求解出来。体系的系综平均可以通过多种方法得出,常见的就是分子动力学和Monte Carlo方法。 分子动力学和 Monte Carlo 求解微扰系综的讨论 1.微扰法本身就是将体系小的变化拆解为更小的变化之和,如果体系的Hamilton量变化很大,那么一般微扰法将不再...
自由能微扰法的基本原理是通过引入一个微扰势能来模拟溶剂中溶质的相互作用。首先,在一个参考溶剂中计算溶质的自由能,然后通过微扰势能逐渐将溶剂替换为目标溶剂,并在每个阶段计算微扰后的自由能差。最后,通过对所有阶段的微扰自由能差进行积分,得到溶剂自由能的估计值。 在自由能微扰法中,选择合适的微扰路径是非常关键...
要实现这种计算，自由能微扰（FEP）和热力学积分（TI）就是两种常用的方法。做MD的人应该对这两种方法...
PyAutoFEP 作为比较新的开源的自动化自由能微扰工作流程的程序,为精确计算相对结合自由能提供了新的基础设施,是此领域的研究者们值得一试的工具。 参考文献: 1. Carvalho Martins, L., Cino, E. A. & Ferreira, R. S. PyAutoFEP: An automated free energy perturbation workflow for GROMACS integrating enha...
自由能微扰计算工具包项目采购意向 为便于供应商及时了解军队采购信息,根据《军队物资服务集中采购需求管理暂行办法》等有关规定,现将自由能微扰计算工具包采购意向公开如下: 一、项目名称:自由能微扰计算工具包 二、采购方式:公开招标 三、项目概算:65万元 四、项目概况 自由能微扰(FEP)作为一种基于统计力学和分子动...
自由能微扰 (FEP) 是一种计算两个系统之间自由能差的方法,可以用在药物发现过程的先导物优化阶段,以估计不同小分子与感兴趣的生物分子靶标之间的相对结合自由能。在过去的十年中,FEP 已经从一种适用于模型系统的技术转变为在药物发现中估计相对结合自由能的最准确和应用最广泛的方法之一。不过 FEP 计算通常涉及数...
一、项目名称:自由能微扰计算工具包 二、采购方式:公开招标 三、项目概算:65万元 四、项目概况 自由能微扰(FEP)作为一种基于统计力学和分子动力学的高精度计算方法,能够精确预测分子系统中不同状态之间的自由能差,特别适用于评估药物小分子与靶点蛋白的结合强度。本项目的目标是通过申购FEP自由能微扰计算工具包,提升...
自由能微扰计算软件是由上海智药科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2022SR0000013,属于分类,想要查询更多关于自由能微扰计算软件著作的著作权信息就到天眼查官网!