近年来,单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术被广泛应用于异质性样本的转录组研究,但由于细菌RNA具有短半衰期、低丰度及细胞壁的特殊性,相关研究主要集中在浮游细胞状态,难以深入分析生物膜中的细菌群体。 2024年11月,美国内布拉斯加大学医学中心病理学、微生物学与免疫学系的Lee E. Korshoj和Tammy Kielian在Nature Communic...
细菌RNA-seq是一种高通量测序技术,用于检测细菌转录组的全面表达情况。为了进行RNA-seq分析,需要使用一个参考序列来比对测序reads,并确定其来源基因。常见的细菌RNA-seq参考序列来源有以下几种: 已公开的细菌基因组序列。 这些基因组序列通常可以从公共数据库中获取,如NCBI GenBank等。这些数据库中包含了大量已测序的...
RNA-seq是一种高通量的测序技术,用于研究细胞在特定条件下基因表达的变化情况。通过将细胞中的mRNA转录为cDNA,并进行测序,可以得到准确的基因表达数据。为了准确地定量和比较基因的表达水平,需要将测得的cDNA序列与参考基因组序列进行比对和匹配。 为什么需要细菌RNA-seq参考序列? 细菌RNA-seq参考序列的主要作用是为...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)的快速发展,彻底改变了对包括哺乳动物细胞在内的各种动植物转录异质性的研究, 但在微生物,特别是原核生物中,受到细胞尺寸小,细胞分离困难、细胞壁的存在、mRNA分子缺乏polyA尾等因…
由于MscRNA Seq能够捕获全转录组的total RNA，因此其捕获的rRNA比例也反映了细菌内rRNA的整体分布情况。图3展示了肠道血清型鼠伤寒基因组中不同基因的占比，以及转录组中各种RNA的占比情况。细菌中rRNA的合成与调控，受到多种因素的影响，包括细菌所处的环境营养状况、生长速度、RNA聚合酶（RNAP）的分布等。因此，...
T7 RNA Pol的染色质免疫沉淀显示在pT7处有强富集,而RNA-seq分析进一步证实了这种人工TU的强诱导作用(图2b)。由于T7 RNA Pol对细菌RNA Pol抑制剂利福平不敏感,作者推断用该药物治疗细胞应该突出由T7启动子诱导的单个转录单位,因为全基因组转录被关闭。在利福平存在的情况下,RNA-seq和T7 RNA pol染色质免疫沉淀...
3、RNA-seq分析PEG/Se@OMV-CD47nb治疗后瘤内巨噬细胞表达模式变化 利用FACS分选出PBS、PGE/Se@OMV-CD47nb+RA和anti-CD47处理的皮下成瘤小鼠的瘤内巨噬细胞,进行RNA-seq。分析结果显示,与PBS组相比,PGE/Se@OMV-CD47nb+RA组M1型巨噬细胞maker...
今天解读的这篇文章出自华南理工大学,是研究纤维弧菌的,作者只做了4个样品的RNA-seq,并且无生物学重复,也发了4.5分。 而这篇文章所有的RNA-seq分析都是在基迪奥做的,那作者究竟是怎么做到的,我们来分析一下。 这篇文章发表在《Bioresource technology》杂志上,IF(2014):4.49 ...
单细胞RNA测序技术(scRNA-seq)在细菌检测中的应用较为有限,尤其在检测大规模的细菌群体以及描述细菌群体内的异质性时存在一定局限性,探索新的细菌单细胞测序方法对于研究微生物系统至关重要。近日,美国麻省理工学院-哈佛大学的博德研究所的研究者们在《Cell》期刊发表了一项研究,报道了一种高度可扩展的细菌单细胞RNA-...
为了不可知地表征同基因微生物群体中不同的转录细胞状态,我们开发了一种具有成本效益的细菌scRNA-seq技术ProBac-seq,该技术将单细胞的微流体液滴封装与DNA探针的原位杂交相结合,以实现高灵敏度和通量。使用ProBac-seq,我们鉴定了已知的细胞状态,包括枯草芽孢杆菌的遗传能力和孢子形成以及大肠杆菌的菌毛产生。此外,我们...