5. 单细胞RNA-seq的数据挖掘 单细胞 RNA-seq 为我们了解组织的组成等提供非常好的工具,而单细胞测序的效果也取决于我们到底测多少细胞,一般而言几百个细胞的单细胞测序不仅仅捕获常见的细胞成分,也会捕获稀少类型的细胞。由于 RNA 降解,细胞的凋亡和实验误差等原因,一些数据将会被排除,不纳入数据分析环节,因此初始...
最早的RNA-seq，把一大群细胞混在一起，抽出RNA一起测序。由于所使用的管子枪头等器材容易粘附RNA，实...
单细胞转录组测序(Single-cell RNA-sequencing, scRNA-seq) 是在单个细胞水平对mRNA 进行高通量测序的一项新技术,其原理是将多细胞生物分离的单个细胞中微量的转录组mRNA 通过高效扩增后再进行高通量测序。单细胞转录组测序能够有效解决组织样本无法破解的细胞异质性难题以及常规RNA-seq 被掩盖的细胞群内的转录组异质性...
基于ICELL8 cx系统的SMART-Seq应用工作流程,将和Oxford Nanopore Technology(ONT)一起奉献一场精彩的表演。 在该建库方案中,以单细胞起始,通过ICELL8 3'DE引物和5' SMART引物来合成cDNA及扩增。反转录酶首先以Oligo d(T)为引物,mRNA为模板,合成cDNA。合成进行至mRNA模板5’末端时,5’SMART引物会作为新的模板,...
首先是导入数据,然后创建一个Seurat对象,接下来对数据进行质控(选择基因,细胞,标准化..),之后就要开始正式的分析了,先归一化,再PCA降维,然后就要开始聚类啦,那为什么要先降维再聚类呢,那是因为降维可以让数据降维到x轴和y轴上两个维度,这样也更方便聚类,因此RunPCA后就是FindNeighbors,参数如果选择dim为10,就是在...
1. 单细胞RNA-seq概述 RNA-seq 允许以高效且经济高效的方式分析样本中的转录本。这是 00 年代末的一项重大突破,此后变得越来越流行,很大程度上取代了微阵列等其他转录组分析技术。其成功的部分原因在于 RNA-seq 允许对样本中的所有转录本进行无偏采样,而不是仅限于一组预先确定的转录本(如微阵列或 RT-qPCR)。
的文章，他们构建了一个跨越生理和病理状态的整个胃肠道（包括食管胃化生[E-GM]）、BE-IM、萎缩性胃炎和GIM的单细胞RNA-seq图谱，证明BE-IM和GIM共享分子特征，且单个细胞同时具有胃和肠上皮细胞的转录特性，在转录方面E-GM类似于萎缩性胃炎，此外，他们还证明GIM和BE-IM具有促肿瘤发生、活化的成纤维细胞微环境...
目前伯豪生物已经基于高通量单细胞RNA文库制备试剂盒GEM-X开展了正式的项目实验。下面具体展示人的PBMC样本和肿瘤组织样本基于GEM-X进行单细胞3’RNA测序的数据。数据结果显示,PBMC样本实测细胞数达到1万以上,PBMC样本的中位基因数达到3000左右。肿瘤组织的实测细胞数也在1万左右,中位基因数高达5600多。
单细胞RNA-seq为了解不同条件、组织类型、物种和个体之间细胞类型的变化提供了前所未有的信息。单细胞数据的差异基因表达分析几乎总是随后进行基因集富集分析,其目的是识别与实验条件相比在实验条件下过度表达的基因程序,例如生物过程、基因本体或调控通路。基于差异表达(DE)基因的对照或其他条件。