所以希望可以重复一遍这个分析。 重现完毕了,我再来更新哈
我们比较熟悉的Bulk RNA-seq是提取组织、器官或一群细胞的混合RNA进行测序,它得到的是一群细胞的转录组的平均数据。因此我们无法区分某一特定蛋白是在10%的细胞中强表达,还是在所有细胞中平均表达,举个很简单的例子,5,5,5,5和10,3,4,3这...
于是结合了The Encyclopedia of DNA Elements（ENCODE）数据库的RBP敲减（KD-RNA-seq）和结合（eCLIP-seq）数据，构建了包含129种RBP和47,667条转录本的高度可信的RBP-转录本调控网络，揭示了不同类型RBP对转录本的调控作用以及其可能调控的生物学通路。
在所有的方法中,除了sci-RNA-seq方法之外,作者还鉴定出除了周质细胞之外的所有上述细胞类型,周质细胞作为一种罕见的细胞类型,仅在DroNc-seq Cortex1中被检测到(图6)。在sci-RNA-seq方法所得数据库中,作者同样没有检测到少突胶质细胞祖细胞和小神经胶质细胞(图6)。在AUC分析中,虽然不同方法检测预期细胞的相对能力...
3、 bulk数据构建打分模型TCGA数据分析临床预后特征 3.结果展示 1. 用单细胞RNA-SEQ研究前列腺癌肿瘤生态系统 ① UMAP可视化14例患者肿瘤微环境中转录上不同的细胞群。 ② 获得 9 种主要的细胞类型,包括B 细胞、内皮细胞、上皮细胞、巨噬细胞、NK 细胞、T 细胞、成纤维细胞和一群未定义的细胞。
儿科临床前试验联盟(PPTC)数据集的泛癌分析显示ALKBH5基因在患者衍生异种移植物中表达,数据使用PCAT生成。TARGET数据库的比较基因组杂交和RNA-seq数据显示ALKBH5基因扩增以及骨肉瘤样品中ALKBH5表达和拷贝数变化之间的强相关性。 C-F. 通过加扰siRNA(Scr)、ALKBH5 siRNA-1(siA5-1)或ALKBH5 siRNA-2(siA5-2)转染...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据分析中的质量控制(QC)是一个至关重要的步骤,旨在去除低质量的细胞,避免数据解读中的误差。其中,线粒体比例(mtDNA%)是QC中的重要指标,用于筛选出低质量的细胞。早期的研究为此设定了5%的mtDNA%阈值,这一阈值随后成为多个scRNA-seq分析软件的默认标准,并在众多研究中被广泛采用。然而,...
利用TCGA数据库分析BRCA、PRAD和LUAD中异常高表达的lncRNA。在这三种癌症类型( Fold change [ FC ]≥3 , P < 0.05)中共有71个lncRNAs高表达。这些lncRNA与RNA - seq鉴定的T47D细胞系( FC≥2 , P < 0.05)中214个FOXA1诱导的lncRNA重叠。然后使用ENCODE数据集中的ChIP - seq数据,分析了5个lncRNA在启动...
一种基于双重自监督的单细胞RNA-seq数据聚类方法 本发明公开了一种基于双重自监督的单细胞RNAseq数据聚类方法,本发明首先结合基因本体论知识构建深度神经网络提取单细胞RNAseq数据特征,通过零膨胀负二项分布重构单细... 王艺杰,曾荣汉,杨东,... 被引量: 0发表: 2022年 面向单细胞RNA-seq数据的聚类方法研究 单...
目的:构建真核细胞翻译起始因子4A3(EIF4A3)-短发夹RNA(shRNA)慢病毒载体,建立Neuro-2a-EIF4A3-shRNA稳定转染细胞系.方法:通过美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库检索EIF4A3基因序列,设计并合成PCR鉴定引物,并将其连接至经EcoRⅠ和AgeⅠ酶切的慢病毒GV493载体,构建GV493-EIF4A3-shRNA慢病毒质粒,PCR筛选阳性...