1、 关于组蛋白、甲基化、转录因子、结合位点和CHIP-Seq1)染色质:真核细胞分裂间期的细胞核内的一种物质,这种物质的基本化学成分为脱氧核糖核酸核蛋白(核蛋白就是由DNA或RNA与蛋白质形成的复合体),主要由DNA和组蛋白构成,也含有少量的非组蛋白和RNA。由于它可以被碱性的染料染色,所以称为染色质。在细胞的有丝...
通过整合ChIP-seq和RNA-seq的分析,在OsJMJ718-CR系中分别获得了因H3K9me3水平升高或降低造成表达变化的1217个基因和19个基因。KEGG和GO富集分析显示,这1236个基因与植物激素信号途径密切相关(图4c)。3个ABA信号转导途径基因(OsPP2C30,OsWRKY24和OsEMP1)、3个GA相关基因(OsWRKY53,OsGA3和OsGASR9)和2个乙烯相...
组蛋白甲基化修饰工具(H3K4me3 ChIP-seq)组蛋白甲基化类型也有很多种,包括赖氨酸甲基化位点H3K4、H3K9、H3K27、H3K36、H3K79和H4K20等。组蛋白H3第4位赖氨酸的甲基化修饰(H3K4)在进化上高度保守,是被研究最多的组蛋白修饰之一。 DNA亲和纯化测序DNA亲和纯化测序技术通过体外表达转录因子鉴定转录因子结合位点,不...
根据ChIP-seq实验结果显示,敲降C/EBPβ可以导致H3K79甲基化水平下调,进而可导致H3K79调控基因表达下调。研究人员在两种不同的卵巢癌细胞系中分别敲降C/EBPβ并检测H3K79的甲基化水平。通过RNA-seq分析,发现C/EBPβ敲降后,1238个基因发生上调,504个...
ChIP-Seq的原理是:首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。
ChIP-seq是染色质免疫沉淀和下一代测序 (NGS) 的缩写,是表观遗传学研究前沿的强大技术。它将 ChIP 的优势(分离靶组蛋白修饰)与第二代测序的精确度无缝地结合在一起。通过使用针对特定组蛋白修饰定制的抗体,该方法可以对组蛋白修饰的 DNA 片段进行选择性免疫沉淀。随后,对这些 DNA 片段进行片段化和测序,从而揭示...
H3K4me3 ChIP-seq是一种用于研究组蛋白甲基化的技术。它专注于组蛋白H3第4位赖氨酸的甲基化修饰,这是基因激活的重要标志。 H3K4me3 ChIP-seq的优势高通量检测: 这项技术能够高通量地检测基因组上的H3K4甲基化修饰,为研究者提供了丰富的数据。跨物种应用: 它的抗体已经完全商业化,可以用于多个物种的检测。多年实验...
RNA-seq、ChIP-seq和表达模式分析表明,OsJMJ718可能参与水稻内ABA和乙烯信号转导。为了证实这一点,研究在萌发阶段评估了WT和转基因系对ABA的敏感性。在对照条件下,OE系在72 h发芽率达到57-70%,CR系则是28-30%,而WT的发芽率为58%,说明OsJMJ718正调控萌发(图6b)。然而,在ABA处理下,所有种子都出现了不可避...
组蛋白甲基化测序(ChIP-seq)是一种结合了染色质免疫共沉淀和高通量测序技术的方法,能够定量和高效地检测组蛋白甲基化的位置和水平。该技术可以用于研究基因调控机制、疾病发生机理、药物开发等领域。 组蛋白甲基化测序的操作步骤主要包括:染色质免疫共沉淀、DNA片段化、连接测序适配器、PCR扩增和高通量测序等。通过对样...
基因功能分析:DAP-seq与H3K4me3 ChIP-seq的协同效应/DNA亲和纯化测序/组蛋白甲基化/特异性抗体/互作组/表观组/甲基化检测/赖氨酸甲基/ Ai张蒙 17 0 模式与非模式物种:DAP-seq技术的广泛应用/DNA亲和纯化测序/组蛋白甲基化/特异性抗体/互作组/表观组/甲基化检测/赖氨酸甲基/高通量测序/转基因/SCI Ai张蒙 ...