通过ChIP-seq/RNA-Seq,研究人员在眼黑色素瘤细胞系中发现了4个受H3K18乳酸化修饰调控的靶基因,其中就包括RNA m6A修饰阅读器YTHDF2,其蛋白质在眼黑色素瘤细胞患者组织中也呈高表达状态,并且YTHDF2表达量水平越高患者的预后指标越差。在OCM1、CRMM1中,3种干扰RNA (shYTHDF2-1/shYTHDF2-2 /shYTHDF2-3)...
2.1利用ChIP-seq技术寻找组蛋白乳酸化修饰的下游靶标。【高通量测序数据。】H3K18la ChIP-seq结果：H3K18la在启动子区域有一定占比（图3A），GO和KEGG显示H3K18la特异性基因在代谢和肿瘤相关通路中富集（图3B），表明组蛋白乳酸化修饰在肿瘤发生过程中发挥了调节作用。图3 H3K18la ChIP-seq结果展示 2.2 ChIP-...
ChIP-seq和CUT&Tag是检测特定组蛋白修饰位点常用的技术,也是目前研究DNA表观的金标准。ChIP-seq是将染色质免疫共沉淀和高通量测序相结合的技术,通过组蛋白特异性抗体,将带有特定修饰的组蛋白-DNA复合物沉淀下来,从而获取该组蛋白结合的DNA。通过对DNA进行高通量测序,即可获得该组蛋白在染色体上的分布情况,从而确定组...
研究对象:H3K18la+m6A 研究技术:ChIP-seq 研究内容: 组蛋白乳酸化是一种与代谢压力相关的组蛋白修饰,在M1巨噬细胞极化过程中对基因表达的调控扮演着重要角色。然而,组蛋白乳酸化在肿瘤发生中的作用仍不明确。该研究发现肿瘤中的组蛋白乳酸化水平升高,并且与眼部黑色素瘤的不良预后相关。针对异常组蛋白乳酸化的修正...
ChIP-seq数据显示H3K18la在启动子区域富集。KEGG分析显示,这些H3K18la特异性基因富含代谢途径和肿瘤相关途径,表明组蛋白乳酸化在肿瘤发生中的调节作用。草酸盐处理后下调基因的KEGG分析也富含代谢相关途径。接下来,通过将ChIP-seq数据与是否使用糖酵解抑制剂处理的...
组蛋白乳酸化调节奥沙利铂耐药菌株中的泛素化:通过对奥沙利铂耐药 Lm3 细胞进行 ChIP-seq 及后续的 GO 和 KEGG 分析,发现组蛋白乳酸化主要参与调节细胞内泛素化过程。进一步研究证实,E3 泛素连接酶 NEDD4 的表达受组蛋白乳酸化正调控,H3K14la 信号在 NEDD4 基因启动子区域显著富集,抑制组蛋白乳酸化可降低 NE...
ChIP-qPCR和RT qPCR结果表明,鱼藤酮显著增加了乳酰化修饰和乳酰化靶基因Lrg1、Vegf-a和IL-10的表达(图6H和6I)。相反,DCA处理后,BMDMs的细胞内乳酸和H3K18la水平降低。向DCA处理的细胞中重新添加乳酸盐成功地恢复了细胞内乳酸盐、组蛋白乳酸化水平和H3K18la修饰基因的表达(图6J至6M)。为了进一步验证细胞外乳酸盐...
综合分析GEPIACUT&TAGRNAseq数据，发下14个在抑制剂处理细胞中下调并且在启动子区域富集H3K18la减少的基因，而在PDAC样本中趋势恰好相反。这14个基因中，CDC6, TTK, BUB1B, PTTG1与细胞周期相关，其中TTK, BUB1B在有丝分裂过程中至关重要，因此认为TTK和 BUB1B可能是组蛋白乳酸化调控的下游基因。ChIP-qPCR...
ChIP-qPCR和RT-qPCR的结果显示,鱼藤酮显著促进乳酸化修饰和乳酸化靶向基因(即Lrg1、Vegf-a和IL-10)的表达(图H&I)。将乳酸重装入DCA(丙酮酸脱氢酶激酶抑制剂)处理的细胞成功恢复细胞内乳酸、组蛋白乳酸化水平和H3K18la修饰基因的表达(图J~M)。在参与乳酸化之前,细胞外环境中的乳酸需被转运入细胞(图N~P)。
1. 黑暗中的眼睛：组蛋白乳酸化与眼部黑色素瘤的链接 通过Western blot、ChIP-seq、RNA-seq和RIP-qPCR等尖端技术，赵教授揭示了乳酸化如何通过YTHDF2途径调控眼部黑色素瘤的发生，深入剖析了乳酸化与m6A修饰之间的复杂关系。这一发现不仅揭示了致癌的分子机制，还为治疗策略的创新提供了潜在靶点。2. ...