植物线粒体组装与注释:基于图形化组装或主环结构,进行重复序列、同源重组、细胞器序列转移、系统发育分析,以及密码子偏好性和RNA编辑等常规及个性化分析。🔬 转录组差异表达分析 比较转录组学:涵盖转录组分析基本流程、差异表达分析,以及关键基因功能的挖掘和讨论。 群体重测序分析:包括变异检测、种群结构分析、PCA、进...
在本研究中,我们对芸苔属五种异质系的线粒体进行基因组和转录组测序,通过基因组间序列的比较来阐明序列重排,进行系统发育分析,发现雄性不育的候选基因。转录组分析以基因组序列为基础,不仅对蛋白质编码基因和特异ORFs的全基因组进行表达分析,而且能够对常见的RNA编辑进行分析。 研究方法 实验材料:5个回交多代的雄性...
ND5、Cyt-b和ATPase6的转录表达差异,结果显示胃癌组织线粒体COX I和ND4的转录水平显著高于远癌正常胃粘膜组织[4];结肠癌癌前疾病家族性结肠息肉组织中ND116SrRNA的转录水平要比正常结肠粘膜高[5],研究人员推测肿瘤细胞线粒体
线粒体代谢在细胞能量产生中起着关键作用,并参与各种生理过程。为了研究线粒体代谢中涉及的特定基因和途径,研究人员通常进行以线粒体基因为重点的转录组测序实验,这被称为线粒体代谢富集。 通过富集线粒体基因,研究人员可以获得更全面的线粒体代谢相关基因的信息,并更好地理解其潜在的分子机制。这在研究与线粒体功...
单细胞测序样本制备仪,基于Drop-seq技术*,完成高通量的单细胞mRNA 3’端测序。 已经对数千个线粒体基因组进行了测序,但可用的线粒体转录组相对较少。这可能很快就会改变。高通量RNA测序(RNA-Seq)技术使得生成大量线粒体转录组数据变得快速而廉价。在这里,我们探索RNA-Seq用于组装线粒体基因组和研究它们的表达模式...
裂解的细胞或细胞膜被破坏的细胞释放其细胞质转录本,而线粒体转录本可能仍保留在双膜结合的线粒体内。具有完整线粒体的裂解细胞可以分配到GEM中,从而增加了检测到的线粒体转录本的比例。如果仅单个或几个细胞簇具有不同的线粒体转录本上调和较低的总UMI计数,则该一个或多个簇很可能表示死亡或垂死的细胞群体。
现在小编为大家展示一下线粒体基因在不同组织的单细胞测序数据中的表达含量。 案例一 :单细胞转录组测序揭示胰腺导管腺癌的肿瘤内异质性和恶性进展 研究背景:胰管腺癌(PDAC)是导致癌症死亡的主要原因之一,5年生存率仅为8%。虽然手术切除仍然是治疗的主要选择,但只有10%-15%的确诊患者满足条件,绝大多数患者最终会...
:对获得的cms线粒体进行转录组和基因组测序。 研究结果 5个线粒体基因组的gc含量均在45%左右,大小在220-257kb之间(基因组圈图如图1所示)。注释结果表明: diplotaxis catholica cms株系缺少rps7基因(如表1所示)。 图1 芸苔属5个异质雄性不育系线...