2005年,Tettelin H等人首次提出了微生物泛基因组概念(pangenome,pan源自希腊语‘παν’,全部的意思),泛基因组即某一物种全部基因的总称;2009年,Li等人首次采用新全基因组组装方法对多个人类个体基因组进行拼接,发现了个体独有的DNA序列和功能基因,并首次提出了“人类泛基因组”的概念,即人类群体基因序列的总和;2...
影响pan-genome规模的因素之一是pan-genome研究中非核心基因所占百分比 (在作物pan-genome的研究中,非必需基因组的比例从8%上升到61%),其中样本量是pan-genome研究的重要因素。在构建“pan-genome”开始,随着鉴定新基因的个体数目的增加,“pan-genome”的大小也随之增加,但核心基因的百分比随之下降。 图4 3个水稻N...
2005年,Tettelin H等人首次提出了微生物泛基因组概念(pangenome,pan源自希腊语‘παν’,全部的意思),泛基因组即某一物种全部基因的总称;2009年,Li等人首次采用新全基因组组装方法对多个人类个体基因组进行拼接,发现了个体独有的DNA序列和功能基因,并首次提出了“人类泛基因组”的概念,即人类群体基因序列的总和;2...
因此对非核心基因结构变异的研究成为了作物泛基因组(Pan-genome)研究的重点,而三代测序技术(PacBio or Nanopore Technology)无论在基因组组装还是在结构变异检测上具有极大的优势,因此成为了现今泛基因组研究的核心技术平台。 图片.png 图3 泛基因组研究思路...