Pan-genome,Pan来自希腊词汇 παν,意思是“全部的”。图1 首次提出“泛基因组”的概念泛基因组(Pan-genome)指的是同一物种的全部基因,包括在所有个体中都存在的核心基因组(Core genome)和个体特有的可变基因组(Dispensable genome)。图2 构建泛基因组示意图二泛基因组构建方式(1) 迭代组装(Iterative ...
影响pan-genome规模的因素之一是pan-genome研究中非核心基因所占百分比 (在作物pan-genome的研究中,非必需基因组的比例从8%上升到61%),其中样本量是pan-genome研究的重要因素。在构建“pan-genome”开始,随着鉴定新基因的个体数目的增加,“pan-genome”的大小也随之增加,但核心基因的百分比随之下降。 图4 3个水稻N...
泛基因组(Pangenome)简介 定义:在分子生物学和遗传学领域,泛基因组指的是一个物种所有菌株中的全部基因的集合。 泛基因组的分类 核心基因组(Core Pangenome):包括在所有菌株中观察到的基因,通常占比超过99%。软核基因(Soft Core Genes)则在95-99%之间。 附属基因组(Accessory Genome,Dispensable Genome):包括在...
2005年,美国研究人员在一篇链球菌基因组分析的论文中首次提出“泛基因组”的概念。Pan-genome,Pan来自希腊词汇 παν,意思是“全部的”。 图1 首次提出“泛基因组”的概念 泛基因组(Pan-genome)指的是同一物种的全部基因,包括在所有个体中都存在的核心基因组(Core genome)和个体特有的可变基因组(Dispensable genome...
材料的选择对pan-genome研究的检测效率和完整性也有十分重要的影响:1. 亲缘关系远近:亲缘关系近的材料的选择将会低估pan-genome的大小;2. 野生种质与栽培种质的结合:野生种质和栽培种质的结合可产生更大种规模的pan-genome,其非核心基因的比例比单纯的利用栽培作物材料的高出很多。
泛基因组的英文是Pan-genome,Pan来自希腊词汇 παν,意思是“全部的”[2]。1.2 发展史自2005年泛基因组概念在微生物中被首次提出,到2014年作物中开启泛基因组研究,迄今已有数十种动植物开展了泛基因组测序研究,包括人、猪、大豆、水稻、玉米、番茄等[1]。图 泛基因组研究发展时间史[1]一个个体的基因...
作为现代基因组学研究中的热门话题,泛基因组(pan-genome)指的是一个物种或群体内所有基因的总和,包括生物体内的核心基因研究和非核心基因研究。泛基因组的概念最早在研究细菌基因组时提出,但随着测序技术的进步,已经被广泛应用于各种不同的物种,构建泛基因组有助于深入理解基因组的复杂性和多样性,解析结构变异...
2005年,美国研究人员在一篇链球菌基因组分析的论文中首次提出“泛基因组”的概念。Pan-genome,Pan来自希腊词汇 παν,意思是“全部的”。 图1 首次提出“泛基因组”的概念 泛基因组(Pan-genome)指的是同一物种的全部基因,包括在所有个体中都存在的核心基因组(Core genome)和个体特有的可变基因组(Dispensable genome...
动植物泛基因组构建目前常用的方法包括迭代组装(Iterative assembly)、Map-to-pan、从头组装后比较(De novo assembly and comparison)和图形泛基因组(Graph pan-genome)等[2,3,9]。 图 泛基因组主要构建方法[2] 迭代组装和Map-to-pan方法都依赖于已有的参考基因组,通过将短读长比对到参考基因组上鉴定基因的PA...