使用seqkit grep命令,通过提供ID文件来提取对应序列: 假设你有一个包含序列信息的文件,名为sequences.fasta,你可以使用以下命令来提取与ids.txt中ID匹配的序列: bash seqkit grep -f ids.txt sequences.fasta 这里,-f选项指定了包含ID的文件。 检查提取结果,确保所需序列已被正确提取: 运行上述命令后,你将...
seqkit grep如何根据ID号只提取序列不提取出其他信息 linux grep提取数字,数据提取操作1、操作命令(都可以结合pipe使用)1、cut:切分操作(可以切分出一整列)2、grep:检索(可以使用正则表达式)3、sort:排序(可以对整列排序)4、wc:统计字符、字数、行数5、uniq:
根据ID从FASTA文件中批量提取序列(Python,seqtk,seqkit),参考“冷月”, "Nickier"," 苏牧传媒" 1c43f522e1c3关注IP属地: 陕西 0.1122021.02.09 08:38:07字数479阅读4,784 根据ID从FASTA文件中批量提取序列是做序列分析常做的事情,有网友让我帮忙从11万条中挑选7万条,我自己写写了一个,太慢了;后来发现Biop...
把要提取的 序列 ID 写入 id.txt , 一行一个ID 1.seqkit seqkit grep -f id.txt input.fa > output.fa 2.seqtk seqtk subseq input.fa id.txt > output.fa ©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者 组学分析 更多精彩内容,就在简书APP ...
提取fq时需要其文件开头用>: sed -i 's/@/>@/g' head40.fq seqkit grep -f a.list head40.fq [输出格式没有楼上好]samtools view WT-1.validpairs.bam | head 提取valid_seqid：提取原始fq_seqid:...
seqkit 从基因组根据ID提取序列2021-01-27 candel关注赞赏支持seqkit 从基因组根据ID提取序列2021-01-27 candel关注IP属地: 辽宁 2021.01.27 10:56:07字数21阅读3,243 seqkit grep -f list test.fa > new.fa 参考:https://blog.csdn.net/weixin_29148445/article/details/111931414...