使用了一个预先装载DNA接头的Tn5转座酶，旨在对基因组进行酶切的同时标记被剪切的DNA片段。由于空间位阻，大多数的DNA标签序列被整合到染色质开放区域。是近年来分析全基因组染色质可及性首选的技术方法。以上4种方法中，除FAIRE-seq是使用超声波物理破碎基因组DNA外，MNase-seq、DNase-seq和ATAC-seq都是基于不同的...
因此,染色质DNA在行使转录以及复制合成的功能过程中,蛋白质需要脱离DNA,使其处于裸露状态,即折叠结构变成松散状态时,这种裸露的DNA便于启动转录以调控基因的表达。 这种允许启动子、增强子、绝缘子、沉默子等顺式调控元件和反式作用因子能够与染色质DNA物理接...
染色质可及性是通过组蛋白、转录因子和活性染色质重构因子之间的动态相互作用建立的。核小体的占据和定位是染色质可及性的主要决定因素,由序列特异性的TF和染色质重构因子不同程度地调节,这种调节是通过亚组蛋白级别的转录因子对核小体DNA的竞争或通过激活染色质重构因子来实现的,这些染色质重构因子动态地驱逐核小体。
染色质由组蛋白和 DNA 组成:147 个碱基对的 DNA 缠绕在 8 个核心组蛋白周围,形成基本的染色质单位,即核小体。 染色质的功能是高效地将 DNA 包装成适合进入细胞核的小体积,并保护 DNA 结构和序列。将 DNA 包装到染色质中可以确保有丝分裂和减数分裂,防止染色体断裂,并控制基因表达和 DNA 复制。 染色质结构 ...
检测染色质可及性的方法中,ATAC-seq尤其受欢迎。经过整理的ATAC-seq数据集和出版物呈指数增长。 ATAC-seq的优点:Tn5转座酶的高活性使ATAC-seq成为一种简单,省时的方法,而且只需要500-50,000个细胞。灵敏度和特异性与DNase-seq相当,优于FAIRE-seq。
衡量染色质可及性目前主要通过以下几种高通量方式获取: (i)MNase-seqKlemm et al., 2019, Nat Rev Genet 金黄色葡萄球菌-微球菌核酸酶(MNase)同时具备核酸外切酶和内切酶活性,优先对裸露DNA或核小体之间起连接作用的DNA进行切割,形成双链末端后,并从末端向片段的中心位置逐个切下碱基对,直到遇到核小体或DNA结合...
1. 单细胞分辨率下配对原发性和肝转移性结直肠肿瘤的染色质景观 为了全面评估不同细胞类型的顺式调节变异,使用10X Genomics平台进行了单细胞染色质可及性(scATAC-seq)分析(图1A)。从从小鼠新鲜切除的3对原发肿瘤样本和肝转移肿瘤样本中分离出单细胞(图1B)。在这些小鼠中,在盲肠处进行了PDX CRC细胞HCC022的原位...
这种染色质处于打开(open)的状态,也就是染色质可及性(chromatin accessibility),这部分区域称为染色质开放区域(open chromatin)。 染色体-核小体-DNA&组蛋白 衡量染色质可及性目前主要通过以下几种高通量方式获取: (i)MNase-seq Klemm et al., 2019, Nat Rev Genet ...
DNA的复制核转录都需要将致密染色质结构打开,从而允许转录因子和其他调控元件结合DNA,这部分被打开的染色质,叫开放染色质区域(Open Chromatin Regin)包括启动子、增强子、绝缘子、沉默子等顺式调控元件。开放染色质允许调控因子结合的特性称为染色质可及性(Chromatin accessibility),与转录调控密切相关。 染色质开放区域...
该研究利用单细胞测序技术在30个人类组织中分析了约60万个细胞,并通过与之前数据的集成分析绘制了目前最大规模的人类单细胞染色质可及性图谱、在222个细胞亚型中注释了近120万个顺式作用元件,为解析基因转录调控机制,以及人类复杂疾病的致病机理提供了宝贵的参考资源。 张垲博士和博士生 James D. Hocker 为本文的...