使用了一个预先装载DNA接头的Tn5转座酶，旨在对基因组进行酶切的同时标记被剪切的DNA片段。由于空间位阻，大多数的DNA标签序列被整合到染色质开放区域。是近年来分析全基因组染色质可及性首选的技术方法。以上4种方法中，除FAIRE-seq是使用超声波物理破碎基因组DNA外，MNase-seq、DNase-seq和ATAC-seq都是基于不同的...
因此,染色质DNA在行使转录以及复制合成的功能过程中,蛋白质需要脱离DNA,使其处于裸露状态,即折叠结构变成松散状态时,这种裸露的DNA便于启动转录以调控基因的表达。 这种允许启动子、增强子、绝缘子、沉默子等顺式调控元件和反式作用因子能够与染色质DNA物理接触的程度就称...
Chang实验室开发的ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing),一种捕获染色质可及性(染色质开放性)的测序方法。 1. 原理 利用转座酶Tn5可结合开放染色质的性质,使用Tn5酶捕获DNA序列,进而上机测序。 转座酶会携带特定的已知序列,然后将这些序列插入到开放的染色质区域中,...
染色质可及性是通过组蛋白、转录因子和活性染色质重构因子之间的动态相互作用建立的。核小体的占据和定位是染色质可及性的主要决定因素,由序列特异性的TF和染色质重构因子不同程度地调节,这种调节是通过亚组蛋白级别的转录因子对核小体DNA的竞争或通过激活染色质重构因子来实现的,这些染色质重构因子动态地驱逐核小体。
检测染色质可及性的方法中,ATAC-seq尤其受欢迎。经过整理的ATAC-seq数据集和出版物呈指数增长。 ATAC-seq的优点:Tn5转座酶的高活性使ATAC-seq成为一种简单,省时的方法,而且只需要500-50,000个细胞。灵敏度和特异性与DNase-seq相当,优于FAIRE-seq。
衡量染色质可及性目前主要通过以下几种高通量方式获取: (i)MNase-seqKlemm et al., 2019, Nat Rev Genet 金黄色葡萄球菌-微球菌核酸酶(MNase)同时具备核酸外切酶和内切酶活性,优先对裸露DNA或核小体之间起连接作用的DNA进行切割,形成双链末端后,并从末端向片段的中心位置逐个切下碱基对,直到遇到核小体或DNA结合...
这种染色质处于打开(open)的状态,也就是染色质可及性(chromatin accessibility),这部分区域称为染色质开放区域(open chromatin)。 染色体-核小体-DNA&组蛋白 衡量染色质可及性目前主要通过以下几种高通量方式获取: (i)MNase-seq Klemm et al., 2019, Nat Rev Genet ...
1.该研究使用ATAC-Seq对AMD患者和对照组的视网膜和视网膜色素上皮细胞(RPE)的染色质可及性进行了全局性分析,染色质可及性的整体下降发生在早期AMD的RPE和晚期疾病的视网膜中,这表明RPE的功能障碍导致疾病的发生。 2.光感受器和RPE特异性转录因子的足迹在差异可及区域(DARs)中富集,与DARs相关的基因在AMD中表达改变...
DNase-Seq是用的DNase I内切酶识别开放染色质区域, ATAC-seq是用的Tn5转座酶,随后进行富集和扩增; FAIRE-Seq是先进行超声裂解,然后用酚-氯仿富集; MNase-Seq是用来鉴定核小体区域。 下图是不同测序方法获取的峰形: 检测染色质可及性的方法中,ATAC-seq尤其受欢迎。经过整理的ATAC-seq数据集和出版物呈指数增长。
DNA的复制核转录都需要将致密染色质结构打开,从而允许转录因子和其他调控元件结合DNA,这部分被打开的染色质,叫开放染色质区域(Open Chromatin Regin)包括启动子、增强子、绝缘子、沉默子等顺式调控元件。开放染色质允许调控因子结合的特性称为染色质可及性(Chromatin accessibility),与转录调控密切相关。 染色质开放区域...