ATAC-Me,一种新的技术手段,可以在单个文库中直接鉴定可及染色质和DNA甲基化的时间动态。因此,针对不同发育和/或分化阶段可及染色质与DNA甲基化之间的相关性研究这个技术更为方便和经济[1]。此外,使用设计的生物信息学工具,可以更容易地预测转录因子结合、顺式调节元件(CREs)、DNA甲基化和染色质可及性之间的相互作...
人类基因组中可及性染色质区域在调控元件中富集,并在其中发现了许多与人类疾病相关的遗传变异。 在下一代测序(next-generation sequencing, NGS) 平台上使用测序 (Single-cell assay for transposase-accessible chromatin using sequencing, scATAC-seq) 对转座酶可及性染色质进行单细胞检测是一种成熟的检测单个细胞内...
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing) 是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法, 原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性,然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。 真核...
北京大学汤富酬团队开发基于三代测序检测单细胞染色质可及性技术 iNature 真核生物中的核小体是染色质的基本结构单位。核小体是有DNA与组蛋白组成,核小体进一步折叠压缩最终形成染色质。高度折叠的染色质结构在复制和转录时需要暴露出DNA序...
研究者数据集使其能通过比较BCOR突变型和野生型细胞的ATAC谱,从而检测BCOR功能缺失对LMPP样细胞中染色质可及性的影响。BCOR突变型LMPP样细胞与HOXA/B、NANOG和NF-kB转录因子结合的基序可及性增加,并且INPP4B基因更加开放,最近被报道与L...
目前，对单个细胞内开放染色质区域进行检测的一种成熟方法是：通过下一代测序（NGS）平台，使用测序技术对转座酶可及性染色质（transposase-accessible chromatin）进行单细胞测定（即scATAC-seq）。然而，这种方法依然面临着挑战：对于来自scATAC-seq的数据，若要进行单倍型定相（haplotype phasing）或探测其中的大规模结构...
在下一代测序(next-generation sequencing, NGS)平台上使用测序(Single-cell assay for transposase-accessible chromatin using sequencing, scATAC-seq)对转座酶可及性染色质进行单细胞检测是一种成熟的检测单个细胞内染色质开放区域的方法。然而,在scATAC-seq数据中检测大规模结构变异(structural variations, SVs),包括...
一种基于纳米孔测序平台的转座酶可及性染色质单细胞测定方法(scNanoATAC-seq)——该方法是一种基于微板的scATAC-seq方法,可以与TGS测序平台相兼容。 研究意义 02 scNanoATAC-seq是一种基于TGS平台的长读单细胞ATAC测序方法,可应用于各种生物学领域。它可以同时检测单个细胞内的染色质可及性和遗传变异(包括SV,SNPs...
一种基于纳米孔测序平台的转座酶可及性染色质单细胞测定方法(scNanoATAC-seq)——该方法是一种基于微板的scATAC-seq方法,可以与TGS测序平台相兼容。 研究意义 02 scNanoATAC-seq是一种基于TGS平台的长读单细胞ATAC测序方法,可应用于各种生物学领域。它可以同时检测单个细胞内的染色质可及性和遗传变异(包括SV,SNPs...
通过对可访问的染色质区域的研究,科学家们已鉴定出许多与人类疾病相关的遗传变异。目前,对单个细胞内开放染色质区域进行检测的一种成熟方法是:通过下一代测序(NGS)平台,使用测序技术对转座酶可及性染色质(transposase-accessible chromatin)进行单细胞测定(即scATAC-seq)。