北京大学汤富酬团队开发基于三代测序检测单细胞染色质可及性技术 iNature 真核生物中的核小体是染色质的基本结构单位。核小体是有DNA与组蛋白组成,核小体进一步折叠压缩最终形成染色质。高度折叠的染色质结构在复制和转录时需要暴露出DNA...
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing) 是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法, 原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性,然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。 真核...
相比于基于二代测序平台的ATAC-seq技术,基于三代测序平台的scNanoATAC-seq技术可以在同一个细胞系中检测到十倍以上的等位基因特异性的染色质开放区域。scNanoATAC-seq技术可以准确地对染色质可及性信号进行基因型分型。并发现即使峰值内没有杂合子SNPs,也存在等位基因特异峰(allelespecific peaks, ASPs),这在...
测试结果表明，scNanoATAC-seq在鉴定不同的细胞群和揭示每个细胞群染色质可及性的关键调节特征方面表现良好。一种基于纳米孔测序平台的转座酶可及性染色质单细胞测定方法（scNanoATAC-seq）——该方法是一种基于微板的scATAC-seq方法，可以与TGS测序平台相兼容。研究意义 02 scNanoATAC-seq是一种基于TGS平台的长读...
一种基于纳米孔测序平台的转座酶可及性染色质单细胞测定方法(scNanoATAC-seq)——该方法是一种基于微板的scATAC-seq方法,可以与TGS测序平台相兼容。 研究意义 scNanoATAC-seq是一种基于TGS平台的长读单细胞ATAC测序方法,可应用于各...
艾美捷Epigentek EpiQuik™ 染色质可及性检测试剂盒是一套完整的优化试剂,旨在通过实时 PCR 对各种生物样品的核小体/转录因子定位进行染色质可及性的基因特异性分析。它是快速检测开放和封闭染色质的一种经济有效且有用的工具。 艾美捷EpigentekEpiQuik™ 染色质可及性检测试剂盒特点: ...
艾美捷Epigentek EpiQuik™ 染色质可及性检测试剂盒原则与程序: EpiQuik™ 染色质可及性检测试剂盒包含通过实时 PCR 对细胞/组织样本的染色质可及性进行基因特异性分析所需的所有必要试剂。该试剂盒包括用于确定染色质消化是否成功的内部对照引物。在该测定中,染色质从细胞/组织中分离出来,并用核酸酶混合物进行...
在下一代测序(next-generation sequencing, NGS)平台上使用测序(Single-cell assay for transposase-accessible chromatin using sequencing, scATAC-seq)对转座酶可及性染色质进行单细胞检测是一种成熟的检测单个细胞内染色质开放区域的方法。然而,在scATAC-seq数据中检测大规模结构变异(structural variations, SVs),包括...
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NEAT-seq能够在单细胞中定量核蛋白以及染色质可及性和转录组,使研究跨越中心法则的调控机制成为可能。 研究团队利用NEAT-seq分析了CD4记忆T细胞,证明该方法可用于检测转录因子(TF)丰度、染色质可及性和基因表达之间的关系,并识别了部分通过转录、翻译和调控染色质结合实现调控活性的TF。此外,研究团队还将GATA基序...