它通过多种蛋白质组学和分子生物学方法，包括交联、细胞裂解（蛋白质-DNA提取）、核酸剪切、抗体免疫沉淀、DNA样本回收，将蛋白-DNA复合物分离出来进一步研究特定的结合蛋白或与其结合的DNA，同时结合qPCR（ChIP-qPCR）可用于检测已知蛋白与特定结合位点的DNA是否结合以及结合的强度，结合二代测序（ChIP-seq）可用于分析...
而在ChIP-qPCR的引物设计中,则不需要这样,如果这样做,对有些组蛋白修饰的位点反而检测不出来了。因为ChIP-qPCR使用的模板就是来自genomic DNA,是很多“碎小”的原始基因组DNA,最常见是基因的启动子区域或者转录起始位点TSS上下游的2kb左右的区域(可能会包含外显子区域),所以这时候使用在线qPCR引物设计软件或是仪器...
而在ChIP-qPCR的引物设计中,则不需要这样,如果这样做,对有些组蛋白修饰的位点反而检测不出来了。因为ChIP-qPCR使用的模板就是来自genomic DNA,是很多“碎小”的原始基因组DNA,最常见是基因的启动子区域或者转录起始位点TSS上下游的2kb左右的区域(可能会包含外显子区域),所以这时候使用在线qPCR引物设计软件或是仪器...
4.洗涤与DNA回收：通过一系列洗涤步骤去除非特异性结合的蛋白质或DNA，确保最终获得的DNA纯净且特异性高。使用ChIP洗脱缓冲液洗脱目标蛋白-DNA复合物，并通过蛋白酶K处理和热逆转交联，从复合物中释放出DNA。5.qPCR分析：通过设计特异性引物，针对目标DNA序列进行qPCR分析，定量检测目标序列的富集情况。通过与内参（如I...
普通逆转录qPCR引物设计里一个很重要的原则是引物序列要跨内含子,目的就是把cDNA模板和genomic DNA模板区分开来,避免引物结合到残留的genomic DNA模板上,导致假阳性非特异性扩增信号。 而在ChIP-qPCR的引物设计中,则不需要这样,如果这样做,对有些组蛋白修饰的位点反而检测不出来了。因为ChIP-qPCR使用的模板就是来自ge...
我们的研究团队在对不同样本的 H3K27me3 ChIP-seq 数据比较时，发现了一个有意思的问题。通过 H3K27me3 甲基转移酶 EZH2 的抑制剂处理细胞以后，免疫印迹检测结果表明，H3K27me3 整体水平显著下降。ChIP-qPCR 也检测到很多位点的 H3K27me3 水平有明显下调。但用常规的 ChIP-seq 分析方法比较，并不能检测到...
ChIP的标志之一是通过qPCR定量纯化的DNA产物的能力。需要以解交联和纯化后2%的Input DNA(不稀释)、目的蛋白抗体IP后的DNA、IgG抗体IP后的DNA分别作为模板(各取未稀释的DNA 2ul),分别加入所要检测的目的基因对应的ChIP引物,进行定量PCR反应,并获得各自的Ct值。按照下面公式计算ChIP富集效率: ...
ChIP-qPCR 要求超声后的片段大小在300-1000 bp 之间; 关于染色质打断的条件优化,请参考本说明书第七部分的ChIP实验成功关键要素中的“超声或酶切后DNA片段的大小质控和优化”这一章节。 Option A:超声随机打断法 收集上一步骤Step 2中的细胞裂解液或组织匀浆液,直接进行如下超声打断流程。
2、荧光定量PCR (ChIP-qPCR) 用于定量检测、验证特定位点的组蛋白修饰水平或转录因子结合水平。 示例结果图片如下(Input百分比分析法): ChIP下游荧光定量PCR的结果图 3、DNA微阵列芯片(ChIP-on-chip) 此方法已经基本被功能强大的二代测序所淘汰了。 4、二代测序(ChIP-Sequence) ...
ChIP(chromatin immunoprecipitation assay, 染色质免疫共沉淀)是研究体内DNA与蛋白结合的重要技术,主要包括ChIP-qPCR和ChIP-seq两种;其中ChIP-qPCR用来验证与目标蛋白结合的已知DNA片段,ChIP-seq用来筛选与目标蛋白结合的未知DNA片段。 先用甲醛交联细胞内“蛋白-DNA”复合物,并用超声波破碎DNA至适合的长度。细胞裂解后,...