1、利用化学物质修饰反应体系构建结构导向网络; 2、整合组学数据和基因注释数据锁定网络调控候选基因。利用NAGM,该研究成功重建了小麦代谢网络。对比KEEG,该网络包含333个新反应。通过整合基因注释、反应类别、代谢物结构相似性、基因表达量及代谢物含量相关性信息,最终为533个反应锁定候选基因。随后,该研究通过体外酶活实...
构建代谢网络并识别关键代谢通路 系统生物学中通过基因组信息分析构建代谢网络并识别关键代谢通路的过程。具体来说,这个过程包括以下几个步骤: 1.基因组序列分析: - 分析微生物的全基因组序列,识别所有编码酶和其他与代谢相关的蛋白质的基因。 2.功能注释: - 对每个基因进行功能预测和注释,将基因与其对应的酶以及...
我国科学家构建植物代谢调控网络新模型 近日，中国农业科学院都市农业研究所植物光生物学团队与四川大学合作，系统阐述了复杂环境因子对植物重要次级代谢产物合成与调控机制，并提出了一种基于多组学、田间试验以及植物工厂技术的植物代谢调控网络新模型，为作物育种与环境适宜性评价提供了新思路。据介绍，次级代谢产物合成与...
近日,中国农业科学院棉花研究所李付广研究员团队利用代谢组和转录组联合分析,成功构建了棉花全生育期主要组织器官的代谢调控网络,并进一步鉴定到调控纤维伸长的关键基因GhKCS1b_Dt,为解析棉花生长发育调控和纤维伸长提供了新的视角,对棉花分子育种和纤维品质改良具有重要意...
另外,转录组测序技术通过分析植物体内基因的表达,可以确定基因在不同组织和生长阶段的表达模式,这些数据可以用于植物代谢网络的构建。 代谢组学分析技术 代谢组学是研究植物体内代谢产物的变化,以及其对环境和遗传因素的响应。它可以帮助我们查明植物体内代谢产物的结构和数量,分析代谢路径的变化模式,用于代谢网络的构建。
该研究利用代谢组和转录组联合分析，构建了水稻全生育期主要组织器官的代谢调控网络，并精准识别了调节关键代谢产物积累的调控基因。该研究不仅对水稻基础研究和育种实践具有重要意义，还对其他作物全生育期代谢组学研究提供了借鉴。该研究使用籼稻品种珍汕97和明恢63整个生命周期不同组织的样品，结合靶向和非靶向代谢组学...
如果只是能用的水平，跟着教程半个月完成简单基因组生物的gsmm构建问题不大。再之后如果想更深入学习的话...
微生物中一碳代谢网络构建的进展与挑战.docx,当前,随着工业制造技术的进步,全球的精细化工产品已达7万多种[1],不仅能够满足人们的日常所需,同时也推动了经济的飞速发展。但是,大规模的化工生产导致化石资源(如煤炭、石油等)短缺,环境污染(如温室效应、空气污染等
基因组规模代谢网络模型构建及在微生物制造中的应用 刘立明 江南大学食品科学与技术国家重点实验室,江苏无锡214122 在微生物制造过程中,由于微生物细胞或酶具有为自身服务的本能,其代谢过程处于最 经济的状态,使得其工作效率成为制约微生物制造产业发展的瓶颈。因此,迫切需要通过代 谢工程等策略以进一步提高认识、设计和改...
4.4.3 基于宏基因组的关键化合物代谢网络途径构建 4.4.3.1 关键化合物形成与功能微生物关联分析 黄酒的风味物质主要来源于黄酒酿造原料、发酵过程中微生物代谢、煎酒和贮存过程中的物化反应等。根据文献及功能注释数据库,对黄酒中淀粉和纤维素降解,葡萄糖和氮利用,氨基酸、醇类、酸类、酯类和酚类等物质形成途径涉及的...