1、利用化学物质修饰反应体系构建结构导向网络; 2、整合组学数据和基因注释数据锁定网络调控候选基因。利用NAGM,该研究成功重建了小麦代谢网络。对比KEEG,该网络包含333个新反应。通过整合基因注释、反应类别、代谢物结构相似性、基因表达量及代谢物含量相关性信息,最终为533个反应锁定候选基因。随后,该研究通过体外酶活实...
构建代谢网络并识别关键代谢通路 系统生物学中通过基因组信息分析构建代谢网络并识别关键代谢通路的过程。具体来说,这个过程包括以下几个步骤: 1.基因组序列分析: - 分析微生物的全基因组序列,识别所有编码酶和其他与代谢相关的蛋白质的基因。 2.功能注释: - 对每个基因进行功能预测和注释,将基因与其对应的酶以及...
代谢调控网络构建的主要思路是将生物代谢通路中的代谢产物、酶和调控蛋白等元件作为节点,通过代谢途径之间的酶促反应和代谢产物之间的物质交换等连接方式构建网络结构。在代谢调控网络的构建和应用中,可以获取到代谢通路之间的相互联系,为研究生物系统的调控机制提供了有力的工具和思路。 一、代谢调控网络构建的基本步骤 ...
我国科学家构建植物代谢调控网络新模型 近日，中国农业科学院都市农业研究所植物光生物学团队与四川大学合作，系统阐述了复杂环境因子对植物重要次级代谢产物合成与调控机制，并提出了一种基于多组学、田间试验以及植物工厂技术的植物代谢调控网络新模型，为作物育种与环境适宜性评价提供了新思路。据介绍，次级代谢产物合成与...
1.一种基于数据挖掘的生物代谢网络构建与交互方法,其特征在于,整体分为数据层、业务层和表现层。 2.一种基于数据挖掘的生物代谢网络构建与交互方法,其特征在于,权利要求1所述的数据层,预处理大规模的化合物数据和反应数据,并持久化到本地数据库,提供数据的存取操作。 3.一种基于数据挖掘的生物代谢网络构建与交互...
代谢组数据分析(十二):岭回归、Lasso回归、弹性网络回归构建预测模型代谢组数据分析零:从质谱样本制备到MaxQuant搜库-CSDN博客代谢组数据分析一:代谢组数据准备-CSDN博客 代谢组数据分析二:数据预处理-CSDN…
而后根据在特定条件下的实验表达信息,对草图进行修正与剪裁,最终获 得较为准确的网络结构。[0005] 其二是代谢网络的共表达构建方法(Metabolic Co-expression Network)。直接 评估不同代谢物特征在各实验条件下的表达差异,通过计算相关性参数(Correlation Coefficient)形成权值矩阵。而后人为设定或使用适应性算法确定切分阔...
摘要 本发明公开一种启发式代谢共表达网络的构建方法及系统。本发明根据最大依赖准则将多个代谢物特征的互信息作为适应度函数值,并使用启发式计算智能多模优化算法对最优特征子集进行寻优搜索。通过多次运行这一优化过程,将各次结果进行组合学习,构造共表达网络结构。最后,通过概率模型计算切分阈值,获得准确、稳定的代谢共...
摘要 本发明实施例公开了以鱼腥草中甲基正壬酮为“节点”的代谢网络的构建,阐述了中药原植物体内“节点”代谢网络的构建方法:选取中药原植物体内代谢网络中一个有效成分为“节点”,捕获与所述“节点”相对应的代谢酶系;利用代谢成分含量变化,锚定所述“节点”代谢网络中的各个代谢成分,即“节点”代谢网络中的各个“...
摘要 本发明提供了基于相似度计算的疾病与代谢物网络构建方法,属于疾病与代谢物相似度网络构建领域。本发明网络构建方法为:获取不同疾病和代谢物的信息;获取与疾病相关的已知代谢物;使用InfD‑isSim方法找出不同疾病的相似性;引入MISM方法获得代谢物的相似性;建立代谢物相似性的网络;通过随机游走发现新的疾病‑代谢...