如果只是能用的水平，跟着教程半个月完成简单基因组生物的gsmm构建问题不大。再之后如果想更深入学习的话...
基因组规模代谢网络模型构建及在微生物制造中的应用 刘立明 江南大学食品科学与技术国家重点实验室,江苏无锡,,, 在微生物制造过程中,由于微生物细胞或酶具有为自身服务的本能,其代谢过程处于最经济的状态,使得其工作效率成为制约微生物制造产业发展的瓶颈。因此,迫切需要通过代谢工程等策略以进一步提高认识、设计和改造微...
内容提示: 生物 工程 学报Chinese Journal of Biotechnologyhttp://journals.im.ac.cn/cjbcnDOI:1 0.1 3345/j.cjb.200498周静茹等/基于约束的基因组规模代谢网络模型构建方法研究进展May 25,2021,37(5):1 526-1 540@2021 Chin J Biotech,All rights reserved-技术篇-夏建业华东理工大学副教授,硕士生导师。兼任...
代谢工程 基因组规模代谢网络模型构建及其应用 刘立明,陈坚 江南大学食品科学与技术国家重点实验室,无锡214122 摘要:微生物制造产业的发展迫切需要进一步提高认识、设计和改造微生物细胞代谢的能力,以推动工业生物技术 快速发展。随着微生物全基因组序列等高通量数据的不断积聚和生物信息学策略的持续涌现,使全局性、系统化...
本发明以树干毕赤酵母为例具体阐述了一种整合的基因组规模代谢网络模型构建及分析方法,属于系统生物学领域.基于此方法对构建所得的树干毕赤酵母基因组规模代谢网络模型进行系统层次的细胞生长模拟和最小基因,反应集合的鉴别,为全面理解树干毕赤酵母的代谢特征和机理提供了重要的平台.刘立明...
本课题在基于该菌的全基因组序列,以 KEGG、 IMG、UiprotKB 及 Enzyme 等数据库为基础筛选注释信息,加以合理的修正及整理,构建出解脂耶氏酵母的基因组规模的代谢网络,并通过将网络魔星转化成 Matlab 可读的数学模型及填补代谢网络缺口等完成该产油脂模式菌代谢网络魔星的高质量构建。该模型包含 619 个基因,843 个...
图1 基于约束的基因组规模代谢网络模型建模通用流程 Fig. 1 General procedure for constructing a constraint-based GSMM. (A) Generic process for constructing a constraint-based GSMM. (B) Retrieving metabolome information and genome-wide annotation information from various databases, and each data complement...
随着微生物全基因组序列等高通量数据的不断积聚和生物信息学策略的持续涌现,使全局性,系统化地解析,设计,调控微生物生理代谢功能成为可能.而基于基因组序列注释和详细生化信息整合的基因组规模代谢网络模型(GSMM)构建为全局理解和理性调控微生物生理代谢功能提供了最佳平台.以下在详述GSMM的应用基础上,描述了如何构建一...
基因组规模代谢网络模型构建及其应用 , PP. 1176-1186 刘立明?,陈坚? Keywords: 基因组规模代谢网络,微生物制造,构建,应用 Full-Text Cite this paper Add to My Lib Abstract: 微生物制造产业的发展迫切需要进一步提高认识、设计和改造微生物细胞代谢的能力,以推动工业生物技术快速发展。随着微生物全基因组序列...
但由于对K.xylinus的代谢系统还缺乏系统性的认识,使得发酵过程仍有待完善.本文在全基因组测序的基础上构建了K.xylinus的基因组规模代谢网络模型,运用基于约束的分析算法进行模拟,优化发酵过程.初步探索了RZS01合成的水溶性多糖(water soluble polysaccharide,WSP)与BC之间的相互关系.同时针对BC三维网络过于致密的缺陷...