然后学习cobra toolbox或者raven toolbox的使用，至少得半年吧，个体差异比较大。
基因组规模代谢网络模型构建及在微生物制造中的应用 刘立明 江南大学食品科学与技术国家重点实验室,江苏无锡,,, 在微生物制造过程中,由于微生物细胞或酶具有为自身服务的本能,其代谢过程处于最经济的状态,使得其工作效率成为制约微生物制造产业发展的瓶颈。因此,迫切需要通过代谢工程等策略以进一步提高认识、设计和改造微...
刘立明等:基因组规模代谢网络模型构建及其应用1177 Journals.im.ac 短缺与环境污染问题 [1] 。生物经济的重要支柱之一 是微生物制造。然而,由于微生物细胞或酶具有为 自身服务的本能,其代谢过程处于最经济的状态, 使得其工作效率成为制约微生物制造产业发展的瓶 ...
内容提示: 生物 工程 学报Chinese Journal of Biotechnologyhttp://journals.im.ac.cn/cjbcnDOI:1 0.1 3345/j.cjb.200498周静茹等/基于约束的基因组规模代谢网络模型构建方法研究进展May 25,2021,37(5):1 526-1 540@2021 Chin J Biotech,All rights reserved-技术篇-夏建业华东理工大学副教授,硕士生导师。兼任...
提高了模型计算的准确性.最后将构建的代谢流模拟框架结合天然同位素校正算法,对两种不同比生长速率下黑曲霉中心代谢网络的代谢通量分布进行了计算,通过比较发现两种比生长速率下:1)达到代谢稳态时,随着稀释速率的增加,底物葡萄糖的消耗增加,氧气的比消耗速率与二氧化碳的比生成速率均有同步增加;2)在A.niger B36的中心...
构建出该菌的基因组规模代谢网络.并通过VBA编程将网络模型转化成Matlab可读的数学模型,通过填补代谢网络缺口等最终构建出该产油脂模式菌株基因组规模代谢网络模型iYL619_PCP.该模型包含619个基因,847个代谢物,1148个反应,模型中添加了127个交换反应,240个运输反应及13个自发反应.利用该模型,通过计算机模拟预测了该菌株...
随着微生物全基因组序列等高通量数据的不断积聚和生物信息学策略的持续涌现,使全局性,系统化地解析,设计,调控微生物生理代谢功能成为可能.而基于基因组序列注释和详细生化信息整合的基因组规模代谢网络模型(GSMM)构建为全局理解和理性调控微生物生理代谢功能提供了最佳平台.以下在详述GSMM的应用基础上,描述了如何构建一...
随着微生物全基因组序列等高通量数据的不断积聚和生物信息学策略的持续涌现,使全局性、系统化地解析、设计、调控微生物生理代谢功能成为可能。而基于基因组序列注释和详细生化信息整合的基因组规模代谢网络模型(gsmm)构建为全局理解和理性调控微生物生理代谢功能提供了最佳平台。以下在详述gsmm的应用基础上,描述了如何构建...
本课题在基于该菌的全基因组序列,以 KEGG、 IMG、UiprotKB 及 Enzyme 等数据库为基础筛选注释信息,加以合理的修正及整理,构建出解脂耶氏酵母的基因组规模的代谢网络,并通过将网络魔星转化成 Matlab 可读的数学模型及填补代谢网络缺口等完成该产油脂模式菌代谢网络魔星的高质量构建。该模型包含 619 个基因,843 个...
图1 基于约束的基因组规模代谢网络模型建模通用流程 Fig. 1 General procedure for constructing a constraint-based GSMM. (A) Generic process for constructing a constraint-based GSMM. (B) Retrieving metabolome information and genome-wide annotation information from various databases, and each data complement...