识别scRNA-seq 和 scATAC-seq 数据集之间的anchors 为了在单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq)实验之间找到相互关联的“锚点”,首先利用Signac软件包中的GeneActivity()函数,通过计算2kb启动子区域和基因体内的ATAC-seq测序计数,来估算每个基因的转录活性。 接下来,使用scATAC-seq数据得到的基因活性...
最近,研究人员采用scRNA-seq技术对成人骨髓和胎儿肝脏造血进行分析研究,发现HSCs和多能祖细胞(MPP)的亚群具有协同表达的标记基因;此外,成人骨髓表型HSPCs的scATAC-seq数据表明表型MPPs在染色质可及性方面存在差异。然而HSCs潜在的命运决定机制目...
为了识别 scRNA-seq 和 scATAC-seq 实验之间的"锚点",我们首先利用 Signac 包中的GeneActivity()功能,通过量化2kb上游区域和基因体内的 ATAC-seq 计数,生成每个基因的转录活性分数。随后,scATAC-seq数据中的基因活性分数与 scRNA-seq 的基因表达定量一起用作相关分析的输入。我们对从 scRNA-seq 数据集中确定为高度...
为了识别 scRNA-seq 和 scATAC-seq 之间的“锚点”,我们首先使用了Signac 包中的GeneActivity () 函数,通过量化上游 2 kb 区域和 gene body 中的 ATAC-seq counts来粗略估计每个基因的转录活性。 然后将来自 scATAC-seq 数据的基因活性评分与来自 scRNA-seq 的基因表达量化一起用作CCA (canonical correlation ana...
图4. scRNA-seq和scATAC-seq数据整合。来源:Cell Stem Cell 考虑到常用的分离纯祖细胞群体分选标记法的局限性,研究者基于细胞表面标记设计了一种针对HSCs / MPP的新的荧光激活细胞分选策略(简称CD-REF),使用CD-REF分选板对股骨BM细胞进行分选,结果显示标记为HSCs / MPP和HSCs / MPPs-Cycle簇的CD-REF细胞约占88...
by = "celltype", label = TRUE, repel = TRUE) + NoLegend() + ggtitle("scRNA-seq") p1 + p2 我们可以识别scATAC-seq数据集和scRNA-seq数据集之间的锚点,并使用这些锚点将scRNA-seq数据中细胞类型标签转移到scATAC-seq细胞。 代码语言:javascript 复制 transfer.anchors <- FindTransferAnchors(reference =...
四、scRNA-seq和scATAC-seq数据整合 目前尚无人类胚胎HSPCs的染色质可及性图谱,研究者基于基因体可及性绘制细胞图谱来整合scRNA-seq和scATAC-seq数据。首先使用6种丰富的细胞类型对scRNA-seq实验中筛选出的CD34+ CD38- 细胞进行分类,结果显示scATAC-seq数据集中指定细胞类型的频率与scRNA-seq数据中的频率高度一致,这...
添加ATAC数据。 # Now add in the ATAC-seq data # we'll only use peaks in standard chromosomes grange.counts <- StringToGRanges(rownames(atac_counts), sep = c(":","-")) grange.use <- seqnames(grange.counts) %in% standardChromosomes(grange.counts) ...
添加ATAC数据。 代码语言:javascript 复制 # Now addintheATAC-seq data # we'll only use peaksinstandard chromosomes grange.counts<-StringToGRanges(rownames(atac_counts),sep=c(":","-"))grange.use<-seqnames(grange.counts)%in%standardChromosomes(grange.counts)atac_counts<-atac_counts[as.vector(gra...
Seurat 4.0 || WNN整合scRNA和scATAC数据 by 单细胞天地 作者| 周运来 男, 一个长大了才会遇到的帅哥, 稳健,潇洒,大方,靠谱。 一段生信缘,一棵技能树。 生信技能树核心成员,单细胞天地特约撰稿人,简书创作者,单细胞数据科学家。 前情回顾 Seurat 4.0 ||您的单细胞数据分析工具箱上新啦 ...