BLAT(The BLAST-Like Alignment Tool)也是一款常用的序列比对工具，对于DNA序列，BLAT是用来设计寻找95%及以上相似至少25个碱基的序列。对于蛋白序列，BLAT是用来设计寻找80%及以上相似至少20个氨基酸的序列。相比于BLAST，BLAT比对更简单方便，速度更快，还可以输出更为易读的比对结果，可以很容易的找到exons 和 introns。
8、q. end:比对区域在查询序列(Query id)上的终止位点 9、s. start:比对区域在目标序列(Subject id)上的起始位点 10、s. end:比对区域在目标序列(Subject id)上的终止位点 11、e-value:比对结果的期望值,解释是大概多少次随机比对才能出现一次这个score,Evalue越小,表明这种情况从概率上越不可能发生,那么这个...
工具介绍 BLAST全称Basic Local Alignment Search Tool，即基于局部序列比对算法的搜索工具。是由美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information，NCBI)开发和管理的一套生物大分子一级结构序列比对程序。"BLAST"是美国国立医学图书馆（U.S. National Library of Medicine）的注册商标。程序可将...
一、多序列比对介绍 多序列比对(multiple alignment),对两条以上的生物序列进行全局比对 算法目的:算的快。但会牺牲一定准确性 下面是一本书上对多序列联配的介绍,在这节,我们不讨论多序列联配算法,只讲如何应用多序列比对工具。 引自生物信息学(樊龙江) 二、多序列比对注意事项 一般10-15条序列,两两间序列相似...
本文将对一些常用的序列比对工具进行对比和总结。 1. BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) BLAST是最常用的序列比对工具之一。它可以在短时间内快速比对大量生物序列。BLAST提供了多种不同的比对算法,包括常见的BLASTN(nucleotide序列比对)和BLASTP(蛋白质序列比对)。BLAST的优点是速度快、易用性好,适用于快速...
PhyloAln可以直接将原始测序数据、组装或者翻译后的序列比对至用户提供的参考MSA中从而生成包含目标样本序列的新MSA,可用于系统发育和分子进化分析,省去传统方法里繁琐的步骤。同时,PhyloAln也可以进一步去除其中大部分外源污染和交叉污染,减少...
2.NCBI提供的BLAST系列NCBI（美国国立生物技术信息中心）的BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）系列是广泛使用的DNA序列比对工具之一。BLAST支持基因与基因、基因与蛋白、蛋白与蛋白等多种比对类型，并提供了多种背景库供用户选择。用户可以在NCBI的官方网站上找到BLAST工具，上传自己的序列文件或直接在网页上输入...
SIM Alignment Tool是一款用于序列比对的工具,特别适用于抗体序列的比对分析。它采用先进的比对算法,能够高效地比对多个抗体序列,并提供详细的比对结果和可视化展示。 用途:主要用于抗体序列的比对和变异分析。研究人员可以利用该工具比较不同抗体序列之间的相似性和差异,识别关键的结构和功能区域,以及分析抗体的进化关系和...
BWA(Burrows-Wheeler Aligner)是一款广泛使用的生物信息学工具,用于将DNA测序数据与参考基因组进行比对。它采用了Burrows-Wheeler变换和后缀数组索引等高效算法,能够快速且准确地比对测序数据。 BWA主要包含以下三个子程序: 1.bwa index:用于构建参考基因组的索引。在比对之前,必须先对参考基因组进行索引构建。索引可以大...