在本教程[1]中,我将介绍如何使用最快、最流行的多序列比对工具之一,程序 MAFFT(Katoh 和 Standley 2013)。我将进一步演示如何检测和排除其中核苷酸同源性可能存在问题的比对区域,如何使用公共序列数据库(NCBI 的 GenBank)识别其他同源序列,以及如何使用这些序列来补充现有数据集。 数据集 本教程中使用的数据集是 Mat...
1. 下载与安装 MAFFT[1]是常见的多序列比对工具之一,通常来说,它的比对速度弱于Muscle,但是准确性更强。它是公开版本,最新的版本是MAFFT v7.505,在MAFFT主页可以下载到可执行文件和代码。 MAFFTmafft.cbrc.jp/alignment/software/ MAFFT提供了Linux、macOS和Windows多个平台的版本。 MAFFT下载页面 1.1 Linux环境...
MAFFT是多序列比对工具之一，其最新版本为v7.505，提供Linux、macOS和Windows平台下载。在Linux环境下，MAFFT提供rpm和deb安装方式。使用rpm安装的命令为：安装rpm包；使用deb安装的命令为：安装deb包。对于Windows环境，推荐使用Ubuntu版本的MAFFT，可通过Windows子系统WSL在Windows上运行Ubuntu。首先安装WSL，然...
启动MAFFT后，用户需按照界面提示进行操作：输入序列文件路径、选择输出文件路径、指定输出格式（Clustal、Fasta或Phylip）、选择比对策略（通常选择默认策略），并输入附加参数（如需）。完成以上步骤后，MAFFT会自动生成运行命令，用户确认并输入"Y"开始比对过程。值得注意的是，MAFFT的主界面主要作为操作引导，...
选择比对策略，通常情况下，选择1号选项即可。附加参数，如无特殊需求，直接回车即可。完成以上步骤后，MAFFT将自动生成比对命令，输入"Y"开始执行。若想直接在终端操作，只需记住命令格式。灵活使用 mafft --auto input.fasta > output.fasta通过这个命令行，MAFFT的强大功能便能无缝地融入你的生物信息学...
序列比对工具从早期的Needleman-Wunsch、Smith-Waterman到后来的Clustal,逐渐发展到了最近的Muscle、MAFFT序列比对方法。算法在向更快、更精确、能处理更多数据的方向发展。常用的在线序列比对方法主要由EMBI-EBI提供,包括但不限于Needle,Water,Clustal,Muscle,Maafft和T-...
【多选题】以下哪些是多序列比对工具?A. MAFFT B. TCOFFEE C. CLUSTALX D. MUSCLE E. CLUSTALW F. MultAlin
百度试题 题目以下哪些是多序列比对工具? A.MAFFTB.TCOFFEEC.CLUSTALXD.MUSCLEE.CLUSTALWF.MultAlin相关知识点: 试题来源: 解析 A,B,C,D,E,F 反馈 收藏