blast是一款命令行工具,使用起来比视窗工具要麻烦一些,需要记下一系列的命令并在命令行中进行序列比对。 blast可以自己建立一个数据库进行本地比对,比如你只想在拟南芥蛋白数据中搜索相似的序列,下载好蛋白数据后,使用blast建立本地数据库然后进行比对即可。 blast比对有两个步骤:第一个建立数据库,第二个进行比对。 1...
序列比对的常用工具:BLAST,但是其运行速度慢的令人捉急。 一、BLAST(Basic Local Alignment Search Tool,局部相似性基本查询工具) BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相...
BLASTN 与 BLASTP:BLASTN 用于核酸序列,而BLASTP用于蛋白质序列,两者都使用局部比对方法,但因处理对象不同,相应算法细节有所调整。 与tblastn的区别:tblastn是在核酸数据库中搜索蛋白质序列的翻译版本,与BLASTN直接比对核酸序列有所不同。 应用场景差异:根据研究目的的不同,选择不同的BLAST工具,若需要查找蛋白质序列...
【NCBI-BLAST】-- NCBI—Blast 工具介绍 I 用序列查基因 I 目标序列序列比对 I 比对结果分析 I 比对序列下载---时间较长,谨慎食用 40:35 【干货】如何使用NCBI寻找基因DNA、mRNA及蛋白质序列【瞎说的】 13:15 【NCBI查找基因启动子序列】--极简版(没有半句废话!!!) 09:48 【NCBI 外显子序列查找】...
Blast+是目前比较常用的序列查找工具,包括核酸、蛋白序列的查找比对、同源性分析等。一般使用网页进行比对查询,如果有大量数据需要处理则需要安装独立程序进行分析,目前最新版本是BLAST+ 2.11.0,主要改进了对大数据的支持和新增了一些功能特性:更新历史。 独立运行程序下载地址: ...
序列比对工具,即序列比对数据库搜索工具,常用的有 EBI 的FASTA 工具和 NCBI 的BLAST 工具,它们是当前两大数据库搜索工具。 FASTA 程序功能: FASTA:将 DNA 序列与 DNA 序列数据库进行相似性搜索,或者将蛋白质序列与蛋白质序列数据库进行相似性搜索; FASTX/Y:将 DNA 序列正向翻译成三种可能的蛋白质序列,然后将三...
在日常的生信分析中,我们常见的序列比对工具基本都是blast进行比对。但是从研究基因功能的角度来讲,HMMER的准确性更高。而且HMMER在处理大规模序列数据时表现出色。它采用了优化的算法和数据结构,能够快速比对大量序列数据,节省时间和计算资源。看到这里,是不是很想知道如何使用HMMER了。别着急,小果带你来学习! 一、什...
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&BLAST_PROGRAMS=megaBlast&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on&LINK_LOC=blasthome 进入这个网址，把你所要比对的序列输入序列框中，在下面的选项中选择对应的物种，然后点击Blast就可以了 ...
【题目】常用的序列比对工具有FASTA工具与BLAST工具等,回答下列问题:(1)(多选)若想要将DNA序列与DNA序列进行相似性搜索,则可以采用的工具有()A.FASTAB.blastnC.BlastpD.FASTSE.Tblastx(②)若想将某氨基酸序列(多肽)与另一氨基酸序列比对,则可能可用的工具有()A.FASTFB.MEGABLASTC.FASTSD.blastpE.FASTX/YF....