2.使用Rstudio进行富集分析图形绘制 此外,DeepSeek按要求给出了TOP20显著富集的KEGG富集分析结果条形图的绘制方法,效果如下图。 同样,还给出了TOP20显著富集的KEGG富集分析结果气泡图的绘制方法。 此外,也给出了使用aPEAR包对GO、KEGG分析结果分别进行富集网络图的绘制方法,其中,GO富集网络图绘制效果如下图。 同样,...
这个就是富集的网络图了,不同的颜色表示富集的不同通路,具有相同通路的节点往往会聚集在一起,这个可以理解为富集通路之间的网络图 这张图和上面的类似,只不过这个不是不同通路,而是P值,节点颜色的深浅不同表示的P值 之后是PPI网络图 这个功能相当于Cytoscape里的MCODE插件,把PPI网络划分为不同的子模块,这里是用...
这期推文的封面是一张富集分析的网络图,来自文献:Single cell RNA sequencing of human liver reveals distinct intrahepatic macrophage populations,算是比较新颖的富集展示方法,是用Cytoscape做的。 之前我介绍过一个网页工具,可以做富集结果的网络图,这篇推文的阅读量已经是我的小破公众号关注人数的两倍多,可以看出大...
绘制具有从属关系(例如通路-基因细胞-基因,物种组成等)的圆形网络图 04:42 GO BP,CC,MF,KEGG pathway富集结果上调和下调放一起的点线图 07:28 微生信平台GO或者KEGG等富集结果GOcircle图绘制教程 06:42 微生信云平台配对样品带连线的box图绘制教程 03:35 微生信基础组合图:饼图+堆叠柱状图绘制视频 03:...
微生信平台-GO,KEGG富集分析结果cnet网络图绘制发布于 2024-01-28 13:42・海南 · 6 次播放 赞同添加评论 分享收藏喜欢 举报 科研绘图数据可视化KEGG富集分析网络图论文插图数据分析 写下你的评论... 还没有评论,发表第一个评论吧...
简介:跟着Cell学作图|8.富集分析网络图(Cytoscape/ClueGO) 读图 对于富集结果的网络图: 节点表示代表性富集通路, 节点的连线表示通路之间的共有的基因数, 颜色表示该节点的富集情况分类(隶属于哪个功能组,颜色也可以和表格形式的的ClueGO结果对应)。 Cytoscape ...
如何针对多组学数据进行富集分析,并绘制下图案例的富集网络图?该案例主要使用了ActivePathways包完成通路富集分析,再将结果使用cytoscape绘制网络图呈现。 (Nat Commun,2024) 分享一个可用于多变量通路富集分析的R包ActivePathways,该R包可识别在基因列表或矩阵中代表性过高的基因集,例如pathways或GO terms。ActivePa...
NES富集网络图 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 # 创建基于NES(归一化富集得分)和Size(路径大小)的富集网络图 # colorBy参数指定了节点颜色的依据,nodeSize指定了节点大小的依据,verbose=TRUE表示打印详细信息 p<-enrichmentNetwork(enrichmentData,colorBy='NES',nodeSize='Size',verbose=TRUE) ...
为了绘制富集结果的网络图，请按照以下步骤操作：下载Cytoscape，然后在Apps菜单中找到App Manager，安装ClueGO插件。激活ClueGO插件后，上传数据并选择富集数据集和富集标准。以GO富集为例，在富集过程中通过超几何方法计算p值，选择p小于0.05的结果进行展示。最后，开始分析并获取结果。本文系列旨在通过复现...
现在，我们迎来了玩转GO数据库系列的第3篇。 在获得GO富集分析结果后，数据的可视化呈现便成为了一个重要的环节。 而其中，GO通路-基因网络图的绘制便是一个不可或缺的部分。此外，你还可以选择引入GO层级，进一步丰富你的可视化展示。在探索GO数据库的旅程中，我们已经学习了如何快速获取GO层级Level，以及如何得...