想要做孟德尔随机化,得先有数据,这个数据还不是常见的转录组数据那种表达矩阵,而是GWAS数据,所谓GWAS,全称叫Genome-wide association study,也就是全基因组关联分析,是指在人类全基因组范围内找出存在的序列变异,即单核苷酸多态性(SNP),从中筛选出与疾病相关的SNPs。 在进行GWAS分析时,首先需要获取GWAS汇总统计数据(...
总的来说,微量元素GWAS荟萃分析的17个指标变异相关具有额外表型(图2):锰的三个非同义指数变体和镉的一个指数变体与phecode相关;代表三种微量元素(镉、锰和硒)的八种指数变体与英国生物库中的血液生物标志物相关;在英国生物库中连续性状的GWAS结果中,观察到17个荟萃分析指标变体(镉、锰、硒和锌)的相关性。 图2...
孟德尔随机化常用的GWAS数据库,高分SCI必备! 孟德尔随机化是一种基于遗传变异的因果推断方法。其基本原理是根据基因型对表型的影响来推断生物学因素对疾病的影响。换句话说,大家都知道,一个生物的表型是基因型和环境共同作用的结果。 在孟德尔随机化中概念里,基因型被称作工具变量基因Z,纷繁复杂的环境被称为混杂因素U...
孟德尔随机化流程图 获取数据 在获取 GWAS 数据之前,明确研究的目标和所关注的暴露因素。这有助于有针对性地选择合适的基因型数据,确保其与研究问题相关。从公共数据库或合适的数据源中获取与暴露因素相关的基因型数据。在GWAS上获取数据的较多。 选取合适的工具 ...
今天介绍下孟德尔随机化常用的数据库,这些数据库存储了很多可免费下载使用的GWAS数据,可以方便大家白嫖,使用这些免费的数据进行孟德尔随机化分析。有些综合性的网站的数据是重合的。 ieu open gwas project 网址:https://gwas.mrcieu.ac.uk/ 目前最简单也是用的最多的一个综合性的GWAS网站。
1. 基因组数据库：基因组数据库是存储各种生物基因组序列信息的数据库，包括人类、动物、植物等各种生物的基因组数据。研究者可以通过这些数据库查找和分析特定基因的序列信息，了解其功能和调控机制，从而深入研究孟德尔遗传学规律。 2. 遗传学数据库：遗传学数据库是存储各种遗传信息的数据库，包括基因型、表型、...
随后,分别基于不同的数据库,通过IVW、WM、MR-Egger及MR-PRESSO评估IBD、CD和UC的工具变量与相关恶性肿瘤之间的因果关系。最后基于Meta分析评估上述孟德尔随机化分析结果的联合因果效应。 图1 技术路线主要结果一. IBD及其亚型工具变量确定及基于UK Biobank其与相关肿瘤因果关系评估首先,作者整合相关数据库,分别选择了...
上一期我们给大家介绍了MR最经常使用的两个广谱数据库——GWAS catalog和FinnGen(第6期.孟德尔随机化GWAS数据库汇总二)。本期我们补充给大家介绍一些专病数据库以及MR数据的其他来源。 随着基因组学成本的降低,越来越多的GWAS数据被生产并公开,一些专病的GWAS数据库也因此产生。在这里,我们以一些数据库为例,主要是...
20分+的“孟德尔随机化”有何不一样?UKB数据库+COVID-19+蛋白质组+GWAS分析,这样的 461 -- 4:13 App 近2年爆点,机器学习正当红!整合生信分析和Meta分析,再加点干湿结合,12.5分+的思路快学起来~ 74 -- 0:14 App 纯生信的数据挖掘能发10分+? 179 -- 0:14 App 纯生信发Nat Commun?!值得一学! 18...