想要做孟德尔随机化,得先有数据,这个数据还不是常见的转录组数据那种表达矩阵,而是GWAS数据,所谓GWAS,全称叫Genome-wide association study,也就是全基因组关联分析,是指在人类全基因组范围内找出存在的序列变异,即单核苷酸多态性(SNP),从中筛选出与疾病相关的SNPs。 在进行GWAS分析时,首先需要获取GWAS汇总统计数据(...
MR需要的数据 二、数据获取方式 a.从文章中获取 b.常用数据库 一、MR需要什么数据? GWAS Summary 从上一篇得知,MR是一种利用工具变量来评估暴露与结果之间因果关系的统计方法。而其工具变量一般是选择从GWAS获得的SNPs。 所以,如果我们说获取MR分析的数据集,一般就是指的GWAS数据集。而一般情况下,我们能够从文献...
方法：利用来自精神病学基因组学联盟 （PGC） 和英国生物银行 （UKB） 的大规模全基因组关联数据，我们进行了双样本孟德尔随机化 （MR） 分析，以评估 BD（41,917 例，371,549 例对照）和 SZ（53,386 例，77,258 例对照）对 SA（26,590 例，492,022 例对照）的推定因果效应。然后，我们评估了 BD 和 S...
IF=37.6)发表了题为:“Gestational diabetes and future cardiovascular diseases: associations by sex-specific genetic data”的研究论文,旨在通过性别特异性孟德尔随机化(MR),探索GDM的遗传易感性与CVD风险之间的因果关系。
今天介绍下孟德尔随机化常用的数据库,这些数据库存储了很多可免费下载使用的GWAS数据,可以方便大家白嫖,使用这些免费的数据进行孟德尔随机化分析。有些综合性的网站的数据是重合的。 ieu open gwas project 网址:https://gwas.mrcieu.ac.uk/ 目前最简单也是用的最多的一个综合性的GWAS网站。
随后,分别基于不同的数据库,通过IVW、WM、MR-Egger及MR-PRESSO评估IBD、CD和UC的工具变量与相关恶性肿瘤之间的因果关系。最后基于Meta分析评估上述孟德尔随机化分析结果的联合因果效应。 图1 技术路线主要结果一. IBD及其亚型工具变量确定及基于UK Biobank其与相关肿瘤因果关系评估首先,作者整合相关数据库,分别选择了...
研究利用两个国内数据库搭配孟德尔随机化分析,容易复现~研究阐明了在东亚人群中,SUA水平升高独立增加了VTE的风险,这表明SUA可能是VTE的一个因果风险因素。这些发现具有重要的临床意义。研究样本数据量非常大,心动不如行动,感兴趣的伙伴抓紧时间动起来呀! 如果遇到困难,欢迎联系光宝~ ...
孟德尔随机化研究中，数据是关键。GWAS数据库在这一领域发挥着重要角色，尤其是全基因组关联分析（GWAS）数据库。以下列举了几个常用的GWAS数据库，帮助学者们获取所需数据。首先，GWAS Catalog作为存储基因组范围关联研究结果的数据库，收录了大量公开发表的GWAS分析结果。该数据库提供关联的基因和变异、疾病...
孟德尔随机化(MR)不愧是近年来公共数据库挖掘的“黑马”,不管是国内还是国外,研究人员们都把孟德尔随机化分析应用到了极致!时而联合湿实验、时而联合单细胞测序、时而联合多组学分析,各种创新思路(俗称花里胡哨),小途早已见识了太多太多!但现阶段还能玩纯生信分析上高分的,说明还是有点东西的!走,上车跟小途去观摩观...
双样本孟德尔随机化（MR）证实了BD和A之间存在显著的因果关系，进一步的研究表明患有不同精神障碍人群的认知障碍不同。临床疾病分析本身就自带热点，再加上孟德随机化，妥妥的高分模板！心动不如行动，不妨关注“公共数据库与孟德尔随机化”公众号，获取最新孟德尔随机化发文思路，一起搭上“高分”快车！后 记本文...