想要做孟德尔随机化,得先有数据,这个数据还不是常见的转录组数据那种表达矩阵,而是GWAS数据,所谓GWAS,全称叫Genome-wide association study,也就是全基因组关联分析,是指在人类全基因组范围内找出存在的序列变异,即单核苷酸多态性(SNP),从中筛选出与疾病相关的SNPs。 在进行GWAS分析时,首先需要获取GWAS汇总统计数据(...
MR需要的数据 二、数据获取方式 a.从文章中获取 b.常用数据库 一、MR需要什么数据? GWAS Summary 从上一篇得知,MR是一种利用工具变量来评估暴露与结果之间因果关系的统计方法。而其工具变量一般是选择从GWAS获得的SNPs。 所以,如果我们说获取MR分析的数据集,一般就是指的GWAS数据集。而一般情况下,我们能够从文献...
方法:利用来自精神病学基因组学联盟 (PGC) 和英国生物银行 (UKB) 的大规模全基因组关联数据,我们进行了双样本孟德尔随机化 (MR) 分析,以评估 BD(41,917 例,371,549 例对照)和 SZ(53,386 例,77,258 例对照)对 SA(26,590 例,492,022 例对照)的推定因果效应。然后,我们评估了 BD 和 SZ 对行为特征、...
表3 Meta分析 文章小结这篇文章以IBD和其亚型CD和UC作为研究对象并评估了上述疾病的工具变量与32种肿瘤疾病的因果关系,其实文章思路并不难,之所以作者能发到9分SCI只是因为紧紧的抓住了孟德尔随机化分析的关键要素即选题新颖跟逻辑完整,感兴趣的朋友,码住这个思路行动起来吧!有进一步需要的小伙伴也可以扫码来找馆长做...
孟德尔随机化常用的GWAS数据库,高分SCI必备!孟德尔随机化是一种基于遗传变异的因果推断方法。其基本原理是根据基因型对表型的影响来推断生物学因素对疾病的影响。换句话说,大家都知道,一个生物的表型是基因型和环境共同作用的结果。在孟德尔随 - 科研王老师于20240626
20分+的“孟德尔随机化”有何不一样?UKB数据库+COVID-19+蛋白质组+GWAS分析,这样的 461 -- 4:13 App 近2年爆点,机器学习正当红!整合生信分析和Meta分析,再加点干湿结合,12.5分+的思路快学起来~ 74 -- 0:14 App 纯生信的数据挖掘能发10分+? 179 -- 0:14 App 纯生信发Nat Commun?!值得一学! 18...
用CLHLS数据库数据做孟德尔随机化，只能说很“罕见”，中国疾控中心的学者捕捉到了，发了高分期刊EHJ，IF=39.3，非常厉害！本文思路不错，单独效应分析过了，我们就探讨联合效应；60岁以上亚人群分析过了，我们就探讨高龄80岁以上亚人群。转变一下，就是一篇新的文章。本文结果非常丰富，先用COX回归探讨BMI和WC...
今天介绍下孟德尔随机化常用的数据库,这些数据库存储了很多可免费下载使用的GWAS数据,可以方便大家白嫖,使用这些免费的数据进行孟德尔随机化分析。有些综合性的网站的数据是重合的。 ieu open gwas project 网址:https://gwas.mrcieu.ac.uk/ 目前最简单也是用的最多的一个综合性的GWAS网站。
上一期我们给大家介绍了MR最经常使用的两个广谱数据库——GWAS catalog和FinnGen(第6期.孟德尔随机化GWAS数据库汇总二)。本期我们补充给大家介绍一些专病数据库以及MR数据的其他来源。 随着基因组学成本的降低,越来越多的GWAS数据被生产并公开,一些专病的GWAS数据库也因此产生。在这里,我们以一些数据库为例,主要是...
460 -- 1:16 App 孟德尔随机化R教程2—R包安装 6249 -- 2:05 App 下载视频号视频,无需任何软件,秒下载! 366 -- 11:00 App 孟德尔随机化15-流程详解 206 3 2:41 App 孟德尔随机化R教程7—Mendel R工程 1449 9 2:09:36 App 孟德尔随机化-玮瑜/共4节/第1节 294 -- 6:45 App 孟德尔随机...