质量控制：首先需要检查RNA-seq数据的质量，可以使用FastQC等工具对原始数据进行质量评估，这一步也可以使...
RNA-seq的核心是基因表达差异的显著性分析，使用统计学方法，比较两个条件或多个条件下的基因表达差异，...
进行RNA-seq转录组数据分析，通常有两种主要方法。一种是利用现成的软件进行分析，这种方式对新手友好，需要掌握的基本操作和原理。另一种则是自己下载并运行各种Linux程序，适用于有计算机编程基础及Linux命令操作能力的用户，对新手来说挑战较大。但无论是哪一种方法，都需要对RNA-seq测序原理和分析流程有...
使用RNA测序发现,异常激活的 PI3K/Akt 信号通路在介导对AG方案的耐药性中起着核心作用。通过RNA测序、多重免疫荧光染色和免疫组化实验,研究人员确定了 cFAM124A 作为一种新的生物标志物,sulindac K-80003 通过其促进 AG 敏感性。总之,这项研究为耐药性胰腺癌患者提供了一种新的治疗方案和新的生物靶点。 图1. P...
RNA-seq 分析表明,RNA-seq鉴定出GmSTOP1-3的498个下游基因,包括参与类黄酮生物合成的基因。GmSTOP1-3过表达植株中参与黄酮类物质合成的基因表达水平显著升高,包括查尔酮合成酶 (GmCHS) 和异黄酮合成酶 (GmIFS)。定量黄酮类物质代谢组学分析表明,GmSTOP1-3过表达显著提高了大豆根尖中柚皮素查尔酮、柚皮素和染...
技术策略:RNA-seq,DAP-seq 客户单位:南京农业大学 影响因子:31.7 物种样本:水稻 过多的氮素会促进水稻中非生产性分蘖的形成,这降低了氮素利用效率。通过平衡氮素吸收和生产性分蘖的形成来培育高NUE的水稻品种仍然是一个长期存在的挑战,然而这两个过程在水稻中是如何协调的仍然是个谜。本研究通过转录组和DAP-seq分...
技术策略:RNA-seq,m6A 客户单位:浙江大学 影响因子:37.3 物种样本:人前列腺 本研究总结了N6-甲基腺苷(m6A)在表观遗传调控中的新作用,介绍了IGF2BP蛋白以m6A依赖的方式介导独特的R环解析,这可能导致前列腺癌的生长迟缓和多西他赛化疗耐药。该研究首次强调了IGF2BPs作为表观遗传R环阅读器在转录遗传调控和癌症中的功...
技术策略:RNA-seq,m6A 客户单位:浙江大学 影响因子:37.3 物种样本:人前列腺 本研究总结了N6-甲基腺苷(m6A)在表观遗传调控中的新作用,介绍了IGF2BP蛋白以m6A依赖的方式介导独特的R环解析,这可能导致前列腺癌的生长迟缓和多西他赛化疗耐药。该研究首次强调了IGF2BPs作为表观遗传R环阅读器在转录遗传调控和癌症中的功...
RNA-seq 分析表明,RNA-seq鉴定出GmSTOP1-3的498个下游基因,包括参与类黄酮生物合成的基因。GmSTOP1-3过表达植株中参与黄酮类物质合成的基因表达水平显著升高,包括查尔酮合成酶 (GmCHS) 和异黄酮合成酶 (GmIFS)。定量黄酮类物质代谢组学分析表明,GmSTOP1-3过表达显著提高了大豆根尖中柚皮素查尔酮、柚皮素和染...
Bulk RNA-seq 分析的一个重要任务是分析差异表达基因，我们可以用omicverse包 来完成这个任务。对于差异...