使用fastp 或者 trim_galore进行去除接头和低质量序列。这里双端数据推荐用trim_galore加上--paired 参数...
进行RNA-seq转录组数据分析，通常有两种主要方法。一种是利用现成的软件进行分析，这种方式对新手友好，需要掌握的基本操作和原理。另一种则是自己下载并运行各种Linux程序，适用于有计算机编程基础及Linux命令操作能力的用户，对新手来说挑战较大。但无论是哪一种方法，都需要对RNA-seq测序原理和分析流程有...
3.表达水平低：相对于线性RNA，circRNA 的表达水平较低，在RNA 测序中可以采用特殊的富集和分析方法。4...
scuttle可以将高维的scRNA-seq数据转化为低维空间,如主成分分析(PCA)和t分布随机邻域嵌入(t-SNE)等方法,从而在二维或三维平面上呈现细胞的分布。这使得研究人员能够更准确地识别和理解细胞的聚类模式、不同细胞类型以及在发育过程中细胞状态的变化。 通过这种降维和可视化的手段,scuttle赋予了研究人员深入探索细胞多样性...
四、数据分析 对于对齐和基因定量,作者建议使用STARsolo。如果有明显的RNA降解,那么可以对适配器、polyA尾巴和模板切换寡头进行修剪。来自冷冻组织的原始snRNA-seq数据通常需要质量控制过滤和处理。肘点-等级图可以帮助评估细胞核和RNA降解的质量和程度。如果肘点和计数阈值不容易辨别,可以使用DIEM或EmptyDrops根据其基因计...
1.采用鉴定开放染色质区域的转座酶(Tn5)进行染色质可接近性分析(ATAC-seq)以及基因表达分析(RNA-seq),将表观基因组和基因表达分析结合,加深对细胞类型和状态的鉴定; 2.通过对同一细胞进行直接检测来整合基因表达和表观基因组的数据,无...
综合以上,利用环状RNA编码能力分析流程进行环状RNA编码能力的预测,包括了以下三方面: (1)对circRNA的ORF进行注释; (2)利用IRESfinder软件预测circRNA的IRES序列; (3)若同时有ribo-seq数据,可将比对不上线性RNA的reads去比对circRNA的junction位点,找出并统计支持circRNA翻译的reads。
本节的目的是描述大多数scRNA-seq分析所共有的前期分析步骤。这些基本步骤遵循通用的分析流程(图3):(1)预处理原始测序数据生成每个基因(或转录本)X每个细胞的表达计数矩阵,然后创建SingleCellExperiment对象;(2)对数据进行质控并去除可能会干扰下游分析的低质量细胞;(3)将原始计数转换为标准化的表达值,以消除细胞和...
首先,在进行RNA剪接变异分析之前,需要准备相关的生物数据。这些数据通常包括转录组测序(RNA-Seq)数据或者剪接组测序(Splice-Seq)数据。其中,RNA-Seq数据提供了全转录组的信息,而Splice-Seq数据则可以更精确地鉴定剪接事件。此外,还需要参考基因组序列以及已知的剪接事件数据库,以便进行进一步的分析。 接下来,选择合适的...
本研究通过转录组和DAP-seq分析确定了转录因子OsGATA8是水稻中氮素吸收和分蘖形成的关键协调者。OsGATA8通过抑制氨态氮转运基因OsAMT3.2的转录来负调节氮素吸收。同时它通过抑制分蘖的负调节因子OsTCP19的转录来促进分蘖形成。 图1. OsGATA8负调控水稻PTNR和有效分蘖比例...