根据IPA的分析结果,发现STAT3在IL-6的信号通路中起着关键的作用,接下来用WB验证IL-6的下游调控关键蛋白STAT3。 总结:该研究通过RNA-seq+IPA高级生信分析承上启下,发现了RAB3C促进结直肠癌发生发展的作用机制可能是通过调控IL-6来实现的,锁定了IL-6信号通路作为机制研究的的方向。 吉凯基因可提供RNA-seq机制研究套...
如果有注释较好的参考基因组的物种,可以直接将RNA-SEQ的数据比对到基因组上,也可以比对到从基因组注释出来的基因上,或者先比到基因组上再预测基因(也就是经典的tophat-cufflinks-cuffdiff流程).若没有注释较好的参考基因组,建议先用转录组序列从头组装(推荐trinity),再把从头组装的序列作为参考转录本,将RNA-SEQ数...
能够通过多种机制,包括遗传印记、染色质重塑、剪切调控、mRNA降解和翻译调控确定lncRNAs的功能,探索lncRNAs的主要工具包括微阵列、RNA测序(RNA-seq)、Northern blotting、实时定量逆转录聚合酶链式反应(qRT-PCR),荧光原位杂交(FISH)、RNA干扰(RNAi)、RNA-结合蛋白质免疫沉淀(RIP)、通过RNA纯化进行染色质...
若没有注释较好的参考基因组,建议先用转录组序列从头组装(推荐trinity),再把从头组装的序列作为参考转录本,将RNA-SEQ数据比对到从头组装的序列中.或者把从头组装的序列和对应物种的NCBI unigene的序列整合在一起,去冗余之后再作为参考转录本. 分析总结。 如果有注释较好的参考基因组的物种可以直接将rnaseq的数据比对到...